2、实践中的困境。虽然立法者对征地目的有着更为严格的限制的意图，但是，我国有关土地征收目的的规定依然不够具体、规范，实践中依然不能很好的防止土地征收的滥用。立法上，我国的《土地管理法》只规定了土地征收必须经过国务院或省、自治区、直辖市人民政府批准，对被征收人认为土地征收目的不符合法律规定时的救济机制却没有任何的规定。但由于我国行政机关现在的工作水平和透明度还不能完全令人满意，因此，过于原则性的规定不利于约束行政机关严格依法实施土地征收。

　　（二）法律经济学的核心思想是求任何法律的制定和执行都要有利于资源配置的效益并促使其最大化，以最有效地利用资源，最大限度地增加社会财富。而我国补偿的项目较少，远不能覆盖被征地人所有的损失，这是我国土地征收补偿制度的主要缺陷之一。

　　1、补偿标准偏低，而且以地平均年产值作为补偿标准极不科学。虽然1998年《土地管理法》已经大幅提高了征地补偿标准，但这样的补偿标准在经济发达地区与土地的市场价格相比还是偏低的。根据土地管理法的规定，对土地的补偿和对农民的安置总计为该耕地在征地前三年平均产值的10-16倍，最多不超过30倍。按照这个标准，以现金形式的补偿通常都在每亩1.5-3.5万元之间。实践中，不少地区征地时仅以法律规定的最低标准计算补偿额，被征地方获得的补偿是相当低的。

　　同时，根据政治经济学的原理，级差地租是由经营较优土地获得的、转归土地所有者占有的一部分超额利润，由个别生产价格低于社会生产价格部分的差额构成。在市场经济和土地所有权存在的条件下，优等地、中等地上的超额利润，最后会通过土地所有者与租地经营者之间的竞争，转化为土地所有者占有的级差地租。所以，土地所有权是使超额利润转化为级差地租的原因，而同级差地租的形成没有关系。不难看出，土地生产条件的差别是级差地租产生的物质条件。土地的有限性和以此为前提的土地经营的垄断，是级差地租产生的社会经济原因。而我国在土地征收的补偿上采用平均年产值的标准，从法律设置上忽视了土地征收过程中级差地租存在的这一经济现实。

　　2、征收补偿中存在的一个重大问题在于农民不能从土地增值中分享利益。政府往往以较低补偿费获得土地，再以很高的出让金转入市场，实践中，这部分的增值额是非常大的。这些增值额实际上是土地从农用地变为城市用地产生的级差地租。但是，国家对征地过程中的这部分增值额不予确认，也没有让失地的集体组织或农民从增值额中获利。农民集体土地转为建设用地的过程，应当是农民分享城市化和工业化成果的过程，应当有利于缩小城乡差距而不是扩大城乡差距，因此，应解决土地增值分配不合理的问题。

　　3.补偿发放和补偿方式存在缺陷

　　（1）土地补偿费用收益主体不够明确。由于历史遗留的因素，土地在国家和集体土地所有权之间的权属界定并不非常清晰，不同所有权主体的土地经常交错在一块。众所周知，征收土地与征用土地是不相同的，前者改变的是所有权，后者改变的是使用权，在存在土地承包经营权的情况下，如果征收土地就涉及到对两个主体进行补偿的问题：一是对所有者即农民集体进行补偿；二是对土地所有权上依法设立了承包经营权的使用权人进行补偿，三是如果上面附着物另为他人所有的，还涉及到第三人补偿。如果土地使用权上设定了抵押权的，还应通知抵押权人，以保障担保物权人的利益。但是，我国现行的土地管理法是怎么规定的呢？只通知和公告农民集体和农民。而土地管理法实施条例竟规定，土地补偿只归农民集体经济组织。那征收的土地承包经营权的补偿费到哪里去了呢？显然，土地法没有考虑到我国土地使用权或承包经营权已流转的法律现实。这给确定土地补偿费用收益主体带来了困难。

　　（2）土地补偿方式不够灵活，安置方法过于简单，无法解决失地农民的就业问题。我国现行法律中规定劳动力安置是主要实行货币化安置的方式。计划经济时代，劳动力的就业安置是确保农民生活水平不下降的有效措施。但随着社会主义市场经济体制的逐步确立和户籍制度、劳动用工制度的改革，原有的劳动力安置办法和“农转非”等办法，在实践中很少使用，已失去意义。安置费和土地补偿费、青苗补偿费一并计算补偿给集体纠纷组织，对农民安置问题不再考虑。而我国现在征地补偿的利用机制还不是很成熟。补偿费用有时候就直接发到农民手上，出现农民坐吃山空的现象。农民失地后很难再获得较好的工作机会，缺乏长远的生活保障。