（2）操作手段方面的差异。首先，由于法律诉讼中存在着诉讼分工，司法会计鉴定人只能采用技术手段（检查、计算、分析性复核验证等）来完成鉴定，而审计人员除技术手段外，还可依法采取各种非技术手段来完成审计任务，如监盘、观察、查询及函证。显然，司法会计鉴定更强调技术性。其次，有些审计应当或可以采用的技术手段，如抽样审计、鉴定等，司法会计鉴定中也不允许采用。

　　（3）操作过程方面的差异。司法会计鉴定的基本程序是先结论后验证，具体的操作程序通常包括鉴定准备（受理、受检、备检）、初步检验（阅卷、测试检材质量、做出初步结论、制定详细检验论证方案）、详细检验、制作鉴定结论等四个阶段。涉及的基本程序是先审计后结论，具体操作程序通常分为审计准备（接受委托、测试内控制度、制定审计计划）、实施审计、制作审计报告书。

　　（4）操作过程中发现问题的处理方式差异。司法会计鉴定人与其他办案人员之间存在着分工负责、相互配合、相互制约的关系，司法会计鉴定人在鉴定中发现与鉴定有关或无关的重要线索或证据时，应当案件承办人进行收集、固定，不得自行处理；审计人员则可以自行处理审计中发现的舞弊等问题，并做出相应的结论。

　　（四）工作结果差异

　　（1）文书种类差异。

　　司法会计鉴定结论只能以司法会计鉴定文书形式进行表达，包括司法会计鉴定书和司法会计鉴定笔录两类。如果鉴定未能做出结论性意见，鉴定人则不能出具独立的证据；审计结果可以采用不同的文书进行表达，如审计报告、管理建议书（2）工作结论的诉讼意义不同。

　　司法会计鉴定结论与审计结论有着不同的证据属性：司法会计鉴定结论与审计结论都可以作为诉讼证据。但在法定的诉讼证据的类型中，司法会计鉴定结论属于鉴定结论，审计结论则属于书证。由于属性不同，尽管审计结论中，也会存在判断性内容，但书证的性质决定了审计结论中有关财务会计问题的判定，只能证明审计审计意见的客观存在，而不能作为鉴定结论使用。

　　（3）工作结论在证据依据方面存在着差异。

　　首先，司法会计鉴定结论只能依据基本证据（只包括财务会计资料、财务会计资料证据和司法会计检查笔录）作出，而不能采信诸如当事人陈述、证人证言、其他鉴定结论等参考证据；审计结论则可以依据审计过程中形成的各种证据，包括调查当事人时所取得的各种辅助证据。

　　其次，司法会计鉴定结论所依据的鉴定证据必须是充分的，而审计结论则可以采用适当性原则来确定审计证据的多寡。

　　（4）工作结论的要求方面存在着差异。

　　首先，司法会计鉴定结论具有较强的针对性，只能对司法机关提请鉴定的财务会计问题表达结论性意见；审计结论则应当依据审计准则和审计结果，由审计人员决定结论所涉及的范围。例如：对少计收入通常会对企业的收入额、应纳流转税额、利润额、应纳所得税额、所有者权益等财务指标造成影响。如果少计收入事项已被鉴定人确认，而司法机关提请鉴定的系收入额问题，司法会计鉴定人只认定少计收入对收入额的影响，对其他财务指标的影响则不予回答；依次论推，只有司法机关提请鉴定的系所有者权益问题，司法会计鉴定人则需要认定少计收入对各相关财务指标的影响。但审计人员在发现少计收入的事实后，通常需要就少计收入对各相关财务指标的影响提出审计意见。

　　其次，司法会计鉴定结论必须回答鉴定问题，审计结论可以提出问题而不与回答。

　　第三，司法会计鉴定结论不能针对会计机构提出要求或建议，但审计结论可以对会计机构提出调整账目、完善制度等要求或建议。

　　（5）工作结论的范围方面存在着差异。

　　首先，司法会计鉴定结论不允许表达涉及财务会计行为人主观心理状态问题，而审计结论有时则需要判断错误与舞弊，这必然涉及到行为人员主管心理状态。