铁路司法机关现行体制存在的问题主要有：司法公正难以保障、案件管辖易起争端、法律适用不统一、人事任免与权力机关脱离。这就对铁路司法体制改革提出了急迫的要求。

　　十六大报告在谈到“政治建设和政治体制改革”时明确提出“推进司法体制改革”，改革目的是“在全社会实现公平和正义”。但是司法体制改革首先是一个制度性的问题，其中涉及的诸多深层次问题已超过了司法机关的职权范围。司法体制改革的目标应是向“司法权国家化”方向发展，结束或最大程度改善目前司法分割的现象，制度设计应符合最大限度保证司法独立，实现司法公正、公平和国家法制统一，同时保持改革的最低成本支出。

　　据此，我们建议在铁路系统建立在“两高”（即高法、高检）统一领导下的三级三审制垂直司法体制，彻底脱离铁路企业，同时结束目前地方司法机关跨行政区域管辖的现象。

　　1.在机构设置方面，在北京设立全国铁路专门人民检察院和全国铁路专门人民法院，级别等同于省级检察院和法院，分别管辖相当于省级人民检察院和人民法院的一二审与铁路有关的专门案件，并实行相应的业务监督、指导，同时调整现行检察分院和中级法院及基层检察院和法院，根据全国铁路布局并结合各地经济文化发展现状和趋势重新设置机构及配置人员，以最大程度实现诉讼资源的合理配置。

　　2.在人事任免方面，首先应着重解决铁路专门司法机关人员的主体身分，从铁路现职职工序列中剥离出来，使其任职合法化。由“两高”根据实际需要统一制定铁路专门司法机关人员编制，将符合现行法律对司法人员资格规定的铁路专门司法机关工作人员直接转为国家司法工作人员，日后铁路专门司法机关人员的录用应遵循国家统一的司法人员录用标准，以结束现行铁路专门司法机关工作人员既是铁路职工又依法行使司法权的尴尬局面。

　　在具体人事任免方面，有两种方案可供选择：

　　一是铁路系统司法机关人员的任命由全国人大常委会授权“两高”统一任免。依据检察院组织法和法院组织法、检察院官法和法官法的有关规定，全国铁路专门人民检察院检察长和全国铁路专门人民法院院长可以由最高人民检察院检察长和最高人民法院院长分别提请全国人大常委会任免，检察分院检察长、中级法院院长分别由全国铁路专门人民检察院检察长和全国铁路专门人民法院院长报至“两高”任免，基层院的检察长和院长分别由检察分院和中级法院报至全国铁路专门检察院和全国铁路专门人民法院任免。

　　二是将铁路检察分院、中级法院及基层检察院和法院的有关人事任免与地方人大挂钩，即由上述司法机关所在地的上级人大常委会任免。

　　上述两种任免方式比较而言，第一种方式更为可取。目前我国招致诸多批评的“司法权地方化”现象，理论界和实务界一致认为地方司法机关人、财、物受制于地方的缘由之一。而第一种任免方式一方面既摆脱铁路对司法的干预，同时也避免了地方对司法的影响，另一方面铁路专门检察院、法院可以名正言顺的跨行政区域管辖。

　　3.在财政支出方面，由“两高”分别制作铁路系统司法机关的财政预算上报中央，由中央从铁路上缴的财政中设立铁路专门司法机关专项基金拨付“两高”，再由“两高”分别下发各级铁路专门司法机关。同时在铁路专门司法机关中实行收支一条线，司法机关通过办案得到的收入亦通过“两高”上缴中央财政。这种方式的财政管理体制改革，既能保证铁路专门司法机关的经费，又能使铁路专门彻底脱离铁路企业。

　　4.监督体制的设立。建议针对铁路专门司法机关设立三级监督体制：一是人大监督，即“两高”在每年向全国人大或其常委会提交的述职报告中应单列铁路专门司法机关的工作汇报；二是铁路专门司法机关应实行检务公开和院务公开，接受公众舆论的监督；三是铁路专门司法机关同时接受其上级检察机关、法院和其内部党组的监督。