全国人大拥有司法预算审批权也不是绝对的，因为依据三权分立理论，权力机关应尊重和保障司法部门的司法权，为防止其滥用预算审批权干涉司法权，应通过必要的制度设计予以约束，可以考虑借鉴1985年召开的第七届联合国预防犯罪和罪犯待遇大会通过的《关于司法机关独立的基本原则》第七条制规定，“向司法机关提供充足的资源，以使之得以适当地履行职责，是每一会员国的义务”，在我国宪法、法律中强调保障司法机关履行职能是全国人大审批司法预算应遵循的基本原则，或者是借鉴巴拿马宪法第211条之规定，“司法预算不得低于中央政府总收入的2％”，在我国宪法、法律中明确设定司法预算的最低比例。[8]（P176）

　　二、司法预算的编制与执行

　　按照上述学理分析的结论，司法预算应列入中央预算，那么，司法预算也应遵循中央预算的相关规定予以编制和执行。根据我国预算法律法规，中央各部门根据国务院的指示和财政部的部署，结合本部门的具体情况，编制部门预算草案，于每年12月10日前报财政部，财政部审核中央各部门预算草案，对不符合相关要求的予以纠正，具体编制中央预算草案，汇总地方预算草案，并在每年全国人大会议举行的一个月前，将中央预算草案的主要内容提交全国人大财政经济委员会进行初步审查，最后国务院在全国人大举行会议时，向大会作关于中央和地方预算草案的报告。全国人大预算批准之日30日内，财政部应向中央各部门批复，国务院负责组织中央预算的执行，财政部具体负责实施，管理和监督预算资金的收付，并经由中央国库则办理预算收入的收纳、划分、留解和库款的支拨。由此可见，国务院、财政部在中央预算的编制和执行中举足轻重，具有影响甚至控制的能力，对于司法预算如果适用相关规定的话，不免令人生成疑虑，如何防止司法部门向拥有财政权的行政部门退让甚至顺从，尽管目前类似情形在我国基本发生于地方的司法部门和行政部门之间。

　　“司法部门招致立法部门侵涉的危险远小于行政部门，因而司法权与行政权保持中立就更为艰难和必要”，[9]（P264－265）尤其在我国，司法与行政不分并从属与行政的历史传统有几千年，至今仍有一定影响，以致于部分司法部门将保障行政权及实现行政目标放在重要地位，法治理念下的司法权对行政权的制约也难以有效实现。因此，逻辑推演的必然结果就是适度限制行政部门在司法预算编制和执行中的权力，当然，财政是行政部门的基本职能，组织财政收入和保持财政收支平衡的行政目标，决定行政部门不能完全置身司法预算之外。台湾地区于1997年7月21日修正“中华民国宪法”增修条文第5条第6项规定：“司法院所提出之年度司法概算，行政院不得删减，但得加注意见，编入中央政府总预算案，送立法院审议。”这样，一方面削弱行政部门在编制预算时的审核权，另一方面通过行政部门附议的方式确保行政部门对于预算的不同意见为立法部门所重视，能够有效平衡财政权与司法权。我国可以借鉴该立法例，建立独立的司法预算制度，每年由最高法院编制全国法院系统的司法预算，送财政部汇总，财政部虽然无权改动预算，但是可以附加书面异议，由国务院就此向全国人大作以报告，最后，全国人大批准司法预算后，国务院及财政部门按照预算拨付款项，最高法院具体负责执行。

　　司法权的核心是审判权，但是，法院作为一种社会组织，其内部不可避免地存在着一些行政性事务，例如案件日程和统计、法院人员编制安排以及法官录用、考核、晋升和罢免等等，而司法预算的编制和执行就是重要内容之一，对此予以管理所衍生的权力就是司法事务管理权，其是保证审判权顺利有效运作的辅助性权力。在我国，司法事务管理权的曾经与法院分离而由司法行政机关行使，例如1979年《人民法院组织法》第17条第3款规定， “各级人民法院的司法行政工作由司法行政机关管理”，这显然有悖于司法权独立于行政权的原则，因此，1983年修订删去相关条文，由法院自己行使内部事务的管理，这也是各国的普遍作法。[10]（P242—247）司法预算编制和执行的完全回归将强化司法事务管理权，有利于法院系统的独立，但是，司法独立还应包括某个法院的独立，乃至法官个人的独立，[11]（P181－185）而司法事务管理权对审判独立构成异化或侵犯，例如预算编制和执行的至上而下体制可能致使上下级法院的监督关系转变成领导关系，或者法官对司法经费的依赖可能致使其唯司法事务管理者马首是瞻。实际上，在英国，1971年《毕清皇家委员会报告》（Beeching Royal Commission Report）发表后，司法改组将司法管理控制权基本上从法官手中转移到大法官办公厅的文职人员手中，办公厅负责总预算和经费分配，并且在财务节俭压力下，逐渐地介入应受法官专管的领域。有法官批评这种制度，认为美国相关制度值得借鉴，即由联邦巡回上诉法院的首席法官和其他经过挑选的法官组成联邦司法会议进行政策决定，包括司法预算的编制、执行和监督，具体职责则由其领导下的规模很大的联邦法院行政管理局承担。[12] （P333－346）我国法院内部机构设置的改革应以此为鉴，建立法官中心型的内部管理机制，[13]（ P203－205）例如，改造审判委员会使之成为法官民主管理的组织机构，负责司法预算编制与执行的决策，同时，法官系列之外专设司法事务管理机构和人员为司法预算的具体操作，服务于司法审判。