国务院制定《突发公共卫生事件应急条例》的目的是为了依法处理“非典”等突发公共卫生事件，保障公众身体健康和生命安全，维护正常的社会秩序，其宗旨是在国家应对突发事件的领域内实现法治。为保证《条例》立法目的和宗旨的全面、准确实现，北京大学法学院教授、博士生导师姜明安认为正确实施《条例》要处理好四对关系。

　　公民权利、自由的限制与保障

　　政府为了有效、及时处理突发事件，应对危机，必须对公民在平时享有的某些权利、自由加以限制，如限制或停止集市、集会，要求停工、停业、停课，临时征用房屋、交通工具，封锁疫区以及强制疏散、强制隔离、强制检疫、强制治疗等。很显然，在突发事件来临，危险威胁大多数人的生命、健康的情况下，政府采取上述措施是完全必要的。因为限制相对人一时的权利、自由是为了保障其长远的权利、自由；限制少数人、部分人的权利、自由是为了保障大多数人、全体人的权利、自由。

　　但是，即使如此，即使是只对相对人一时的权利、自由予以限制，即使是只对少数人、部分人的权利、自由加以限制，也要非常慎重。政府在作出此种权利限制性决定时，要遵循行政法治所要求的比例原则和基本人权保障原则。所谓比例原则，第一是要合目的性，即要确定相应限制是实现目的所必需的；第二是最小损害性，即要在多种方案中选择对相对人利益损害最小的方案；第三是比例性，即要衡量相应方案的利弊得失，保障相应措施利大于弊，得大于失。所谓基本人权保障原则，指在限制相对人特定权利、自由的时候，切实保障宪法规定的相对人的其他权利、自由，如保障相对人的人格权、财产权、言论自由、信仰自由等。

　　行政权力的强化与控制

　　在突发事件出现，危险威胁广大公众的健康、生命的非常时期，法律必须赋予政府较之平时更多，更具强制性的行政权力，如制定和发布具有限制人身自由的强制措施和处罚的条例、决定、命令的权力，作出对疫区实施封锁、对被污染水源实施封闭的决定的权力，采取对公民人身自由予以一定限制和对公民财产予以临时征收或处置措施（如销毁被污染的衣物）的权力等。法律在此时期赋予行政机关上述权力对于确立和维护预防、控制和消除突发事件危害所必需的秩序以及保障预防、控制和消除突发事件危害所必需的措施的实施均是必不可少的。没有强有力的行政权，要动员和组织人民战胜灾害，最终消除危机是不可想象的。

　　然而，行政权的强化是一把双刃剑，即使是在非常时期亦如此：它既可以因其正当行使为人们提供必需的秩序，也可以因其被滥用而侵犯公民的基本人权和自由，损害国家和社会的公共利益。因此，法律必须同时对这种强化的行政权加以控制。所谓控制，其主要途径有三：一是以法律严格规定这些权力行使的条件；二是以法律严格规定这些权力行使的程序；三是通过法律监控和救济机制保证这些法定条件和程序得到严格遵循。

　　突发事件危害的防与治

　　公共卫生突发事件对人们身体健康，甚至生命的危害是相当严重的，面对此种危害，人们往往猝不及防，措手不及。对此，政府必须采取果断措施，冷静应对。政府采取的果断措施应既包括治，也包括防。“治”自然是首要的，对因突发事件致病、致伤、致残的人，政府无疑应首先采取措施，给予他们及时的救治。否则，稍有拖延懈怠，他们中许多人就有可能因病情、伤情恶化而丧失生命。相对于“治”，“防”在时间顺序上可能位于其后，但在重要性上却位于其前，故人们谓之“防治”而非“治防”。《条例》第五条规定以“预防为主”，即为此理。“防”包括两个方面：一方面是防止已发生的突发事件危害扩大，即要求政府在突发事件发生后，迅速采取《条例》第三十二条至第四十四条规定的措施，尽可能使已发生的灾害不致向尚未发生灾害的地区和尚未受害的人群蔓延；另一方面是防止以后可能再发生的突发事件对人们造成大的危害，即要求政府总结处理已发生事件的经验教训，在此基础上健全制度、完善法律，实施《条例》第十条至第二十五条规定的措施，以使今后可能发生的突发事件的危害减少到最低限度。