从司法机关角度看，由司法机关解决行政主体的职权冲突和争议不仅是必要的，而且是可行的。将某些行政主体之间的权限争议交由法院去做最终裁决主要是基于以下的考虑：其一，“司法最终”是法治原则的内在要求。法治概念的内涵之一是“行政主体服从司法机关”，“政府行政主体必须尊重和服从法律及法院在解释和执行法律时的判决。例如，如果市民与政府打官司，市民胜诉，法院做出了不利于政府的判决，但政府却不肯依照法院的命令去做，那么法治就算是崩溃了。” 其二，有人认为行政主体之间的权限争议只是行政系统内部的权限争议，并据此主张司法权不能进行干涉。我们认为事实恰好相反，某些行政主体之间的权限争议已不仅仅属于系统内部的权限争议，它已经超出此范围，且这类权限争议若不得到及时公正的解决，必将很大地影响到社会公共利益。如日本的机关诉讼中有一类是“职务执行命令诉讼”，普通地方公共团体的长官若不执行国家机关委任的事务，则会影响整个国家的行政，同时也会影响到该地方的社会普遍利益。 “在法治的原则下，法律一般不过问、不干涉个人私生活领域，只要这种私生活不危及他人和社会。但法律对公共生活的管理、规范、治理、调处则是责无旁贷的任务之一。” 行政主体之间的权限争议虽不属于法律上的争议，但由于它已经很大地影响到社会公共利益，因此我们仍然要求司法机关对此类争议拥有最终的裁判权。其三，由司法机关处理比行政主体内部采用逐级上报解决的方式有更高的效率，可以避免许多不必要的争议和扯皮。

　　我们认为机关诉讼应当包括以下两种处理方式：第一种情况是行政主体在执法过程中自己发现与其他行政主体存在着权限上的争议，此时可以允许行政主体直接到法院起诉要求法院裁决权限的归属，第二种情况是在一个具体行政诉讼案件中发现不同的行政主体之间存在权限争议，此时法院应当中止对原行政案件中的审理，转而审理行政主体之间的权限争议（此时争议的存在可以说是案件的先决问题），再据此决定解决原来的行政诉讼案件。

　　七、当事人诉讼

　　当事人诉讼是行政诉讼的一种特殊类型，它是指行政主体的行政行为导致平等主体之间民事法律关系的产生、变更和消灭，从而引发民事当事人之间或者与行政主体之间的争议，法院审理此类争议的活动称之为当事人诉讼。

　　设立当事人诉讼的主要目的是为了解决与行政权有关的特殊民事争议。随着行政权在国家管理领域的不断扩张，越来越多的的民事活动被置于国家的管制和约束中，在我国，诸如土地、矿藏、山林、草原、水、以及商标、专利等知识产权引发的争议，大多与行政权的行使有关，在这些案件中，正是由于行政主体行使了诸如行政裁决、行政确认、行政许可等权力，才使普通的民事争议变成了比较复杂的混合争议案件。这类案件中存在两种法律关系，一种是民事法律关系，另一种是行政法律关系。那么，民事争议双方当事人若对行政主体的裁决、确认或许可决定不服而向法院起诉，应当选择哪种诉讼形式，单行法律都没有具体规定，对此理论界有所争议。有人认为应当作为民事案件来处理，以民事争议双方为原被告双方，这样可以一步到位地解决双方当事人之间的民事争议，但是“作为民事案件虽能解决当事人双方的纠纷，但不能撤销行政裁决，从而出现行政裁决与司法裁决并存的局面，造成法律效力上的冲突和司法当事人各执一词的情况，有可能使纠纷更加激化。” 另有人主张采用行政附带民事诉讼的方法以解决此种情况，认为“既有利于减少当事人的讼累，也有利于法院一并查清事实、分清责任，正确、及时地对案件做出审理，还可避免人民法院就同一事实做出相互矛盾的判决。” 持相反意见者亦有之，他们认为当事人对行政裁决不服提起的诉讼不应当为行政附带民事诉讼，而是应当作为一种特殊的行政诉讼。 理论界对此问题尚无定论，实践中由于没有法律的明确规定，不同法院的处理方式同样是多种多样：有的法院由行政法庭审理，通过行政附带民事诉讼的方式，将行政争议与民事争议一并解决，有的法院则由行政庭和民事庭分别审理。无论采取前述何种处理办法，其弊端都是很明显的。如果作为民事案件来处理，很难将已经发生行政法效力的行政行为弃之不理；若作为行政案件来处理的一般是采用撤销诉讼的方式，由于撤销诉讼的判决只有维持或撤销两种，不能最终解决当事人之间的民事纠纷，即使作为行政诉讼附带民事诉讼的案件，法院也摆脱不了既不能维持也不能撤销的两难境地。总之，这几种处理办法都难以最终解决机关之间的纠纷，而且有时会增加当事人的讼累，浪费不必要的人力、物力和财力，甚至会造成循环诉讼，不符合诉讼经济的原则。所以，在《行政诉讼法》实施近十年的今天，我们仍有必要作进一步探讨，有必要借鉴和吸收国外当事人诉讼的经验和教训，以完善我国的行政诉讼制度。