首先是经营业绩如何评价。在《办法》中规定了对于董事、监事、高级管理人员应当以绩效考核指标为实施股权激励计划的条件。因此，上市公司绩效考核体系和考核办法应当如何建立，具体又怎样计算，怎样与期权激励挂钩，有待进一步完善。现行高级管理人员业绩评价大多以职务和岗位来考核。由于我国至今还没有完全形成经理人员市场化的选择环境，经理职务不能完整、准确地反映其贡献的大小和能力的高低；同时，业绩考核体系也不规范，尤其是对公司的管理部门的业绩评价更难得出一个比较公正的结论。因此，业绩评价成为整个期权计划中难度最大、分歧最多的部分。此外，对于其他激励人员而言，其激励条件就更为模糊，可能会存在比较大的争议。

其次是期权或获授股票的流动性问题。经营者任期届满，或因经营不善被辞退，或因调离、退休等原因离开企业，那么经营者在企业的股份如何兑现，是由继任者购买，还是由离去的经营者继续持股享受分红？即使由后继的经营者购买，能否按原价购买，退出的期股价格如何评估等等，都应有原则性的规定。

再次是还缺少法律层面的保障。无论是《公司法》或是《证券法》，对于股权激励都没有明确的法律规定和保障。在《公司法》中，只是提到了高管人员的报酬事项，并且董事、监事的报酬事项由公司股东大会决定，而经理、副经理及财务负责人的报酬事项由公司董事会即可决定。这与股权激励的审批程序并非完全一致。

此外是缺少财务、税收等制度上的配套。比如，激励对象持股所获红利以及增值收益等是否能享受税收方面的优惠？个人所得税如何缴纳，是作一次性收入缴纳，还是按月摊薄缴纳，这也是必须解决的问题。又比如，上市公司对于股权激励如何进行财务上的处理，也需要财政部、证监会等相关部门协调，制订相应的会计处理准则。即使在美国这样股权激励较为成熟的国家，其对于股权激励的会计处理也进行了长时间的争论。

最后，社会观念对此仍有不同的看法。许多已实施MBO，或股权激励计划的上市公司，其中长期表现仍然欠佳。最典型的非TCL集团莫属，其股价从上市后最高的8.52元，一路跌至现在最低的1.72元。让人对股权激励是否会成为只是高管个人财富增长的一种工具产生了怀疑。