1982年制定海洋环境保护法时，由于当时海洋环境问题主要是污染问题，因此法的重点主要是对各类污染源如何防治的规定，但是考虑到海洋开发利用活动的发展趋势，该法还是在“总则”第四条对保护海洋生态作出了较原则的规定。该法实施16年来，对控制海洋污染起到一定作用，但是随着海洋经济的发展，海洋开发利用活动对海洋生态环境产生的直接破坏日趋严重，已成为除海洋污染以外，严重制约海洋环境可持续利用的重要因素。对此，九届人大常委会在《海洋环境保护法》执法大检查的总结报告中明确提出要坚持“污染控制与生态保护并举”的环保方针。为此，新《海洋环境保护法》对海洋生态环境保护作了重点补充和修改，新增加了“海洋生态保护”一章。

　　第二十条 国务院和沿海地方各级人民政府应当采取有效措施，保护红树林、珊瑚礁、滨海湿地、海岛、海湾、入海河口、重要渔业水域等具有典型性、代表性的海洋生态系统，珍稀、濒危海洋生物的天然集中分布区，具有重要经济价值的海洋生物生存区域及有重大科学文化价值的海洋自然历史遗迹和自然景观。

　　对具有重要经济、社会价值的已遭到破坏的海洋生态，应当进行整治和恢复。

　　【释义】 本条规定了国务院和沿海地方各级人民政府对海洋生态保护、整治和恢复的责任和主要保护对象。

　　一、本条第一款规定国务院和沿海地方各级人民政府对海洋生态保护的责任。其中保护对象包括红树林、珊瑚礁、滨海湿地、海岛、海湾、入海河口、重要渔业水域等具有典型性，代表性的海洋生态系统，以及珍稀、濒危海洋生物的天然集中分布区，具有重要经济价值的海洋生物生存区域，具有重大科学文化价值的海洋自然历史遗迹和自然景观。这些保护对象对于维护海洋生态平衡、保护海洋生物多样性具有重要的作用，对于海洋资源开发和海洋经济发展具有重要意义，对于科学文化研究和保存具有重要价值。“海洋生态系统”是指在一定时间和海洋空间范围内，海洋生物和非生物的成分之间，通过不断的物质循环、能量流动和信息联系而相互作用、相互依存的统一整体。而在一定空间的各种海洋生物的总和又称为海洋生物群落，因而海洋生态系统可以概括为海洋生物群落与其生存环境构成的综合体。不同层次的海洋生态系统的健康是维护整个海洋生态平衡的关键。海洋生态的保护应当根据不同的保护对象采取相应的措施，如建立保护区、控制污染、合理开发海洋生物资源等。其他保护对象的定义参见本法第二十二条的释义。