1，环境职能部门的不独立性。环境保护部门防止环境污染和破坏，而经济部门和地方政府往往以经济增长为主要追求目标，双方差异导致冲突发生。如2005年水利部环保局信息发布权之争 .环境保护部门在人事、财政、社会保障体制上无法独立于地方政府，而各级政府却有足够的冲动去提高GDP速度，确保经济发展，缓解财政压力，往往难以对环境问题采取强硬措施。使得在环境问题刻不容缓的境地下，环境行政部门仍然是名副其实的冷衙门。履行环保职责的权力能力明显不足。以致罚款多少，环保部门竟要和违法企业去商量的地步 .

　　2，环保部门的权限设置不尽合理，处罚力度太小。例如，限期治理作为我国防治污染的一项重要措施，其限期治理的决定权赋予县级地方人民政府行使。环保部门只可以提出限期治理意见，而地方政府则可能为了某种利益而行政不作为，其结果是放纵违法行为并对环境造成更大的污染或破坏。在法律明确限期治理范围和条件下，既然违法排污企业的行为已经构成了限期治理条件，就应当直接通过法律赋予环保部门决定限期治理的权限;而现行的《环境影响评价法》虽然明确规定了公众参与，却没有明确参与范围。2005年全国有史以来最大的一场“环评风暴”的结局是一共30个违法开工项目全部接受了行政罚款，但具体数额不等。江苏7个30万千瓦以上的大型火电项目均收到“罚单”，最高的罚款10万元，最低的则为5万元 .尽管“环评风暴”来得轰轰烈烈，但我们不竟要问，对投资数十亿元的特大电站项目，这样的处罚力度对违法行为谈何威慑力?从某种意义上讲，这种执法困局是近年来重特大环境污染事故频发的根源。

　　3，环境职能部门的垂直管理与区域化合作体制。由于环境具有生态系统的完整性、跨行政区域性特征，所以对环境要求实行更加系统型管理及决策，设立高级别的协调和决策机构。我国环境资源被行政区划分割，由不同的主体行使管理决策权，加上地方利益、部门利益的不同，缺乏对地方利益、部门利益的平衡和限制，最终导致环境破坏严重。环境行政管理体制设置只重视行政区划机构而忽视生态区域机构的弊端暴露无遗。现有的一些综合治理机构，如太湖流域的综合治理委员、淮河治理委员会、黄河治理委员会等只不过是协调通报监测机构。根本无法监管，也不可能综合治理。作为监督者，要想实现有效的环境执法，环保部门就应该实行垂直管理 .从区域环境资源保护的高度，统一管理环境保护工作。当今国际区域合作的经验值得借鉴，如欧盟、美洲国家组织、2003年11月中欧环境部长级政策对话机制正式启动等。英商6000万欧元购买宝钢600万吨CO2减排量就是一个成功的例子 .