申请认证企业必须依据绿色食品标准组织生产、管理。至2003年底已经制定的绿色食品标准有：

　　(一)、绿色食品产地环境质量标准

　　1、《绿色食品　产地环境技术条件》(NY/T391～2000)

　　2、《绿色食品产地环境质量现状评价技术导则》

　　(二)、绿色食品生产技术标准

　　1、《绿色食品　农药使用准则》NY/T393～2000

　　2、《绿色食品　肥料使用准则》NY/T394～2000

　　3、《绿色食品　食品添加剂使用准则》NY/T392～2000

　　4、《绿色食品　饲料和饲料添加剂使用准则》 NY/T471～2001

　　5、《绿色食品　兽药使用准则》NY/T472～2001

　　6、《绿色食品　动物卫生准则》NY/T473～2001

　　7、《绿色食品 渔药使用准则》NY/T755～2003

　　(三)、绿色食品产品标准

　　95年制定了25个(NY/T268～292～95)：包括苹果、黄瓜、番茄、菜豆、豇豆、啤酒、干白葡萄酒、半干白葡萄酒、干红葡萄酒、半干红葡萄酒、干桃红葡萄酒、大豆、大豆油、高级大豆烹调油、茶叶(2000年修订)、咖啡粉、橙汁和浓缩橙汁、番石榴果汁饮料、西番莲果汁饮料。

　　2000年制定了20个( NY/T418～437～2000)：玉米、大米、花生(果、仁)、小麦粉、白砂糖、鲜梨、鲜桃、猕猴桃、柑桔、哈密瓜、葡萄、黑打瓜籽、食红花籽油、番茄酱、白酒、植物蛋白饮料、果汁饮料、水果蔬菜脆片、果脯、酱腌菜。

　　2002年修订了绿色食品啤酒标准(NY/T273～2002)、绿色食品茶叶标准(NY/T288～2002)，制定了绿色食品乳制品标准(NT/T657～2002)，绿色食品白菜类蔬菜(NY/T654～2002)、茄果类蔬菜标准(NY/T655～2002)(蔬菜类共分8类)。

　　2003年制定了绿色食品绿叶类、葱蒜类、根菜类、甘蓝类、瓜类、豆类蔬菜标准以及绿色食品食用菌、热带亚热带水果、食用植物油、峰产品、禽肉、蛋及蛋制品标准(NY/T743～754～2003)

　　(四)、绿色食品包装、储运标准

　　1、《中国绿色食品商标标志设计使用规范手册》