在实际工作中，由于土地增值税的纳税人包括主营房地产业务的房地产开发企业及兼营房地产业务的其他单位，二者的财务制度存在差异，因此，印花税被允许列支的会计科目有所不同，致使许多企业在计算增值额时，往往出现重复扣除印花税的问题，从而少缴土地增值税。笔者以为，计算增值额时，扣除印花税应分清纳税人的行业性质，依据不同的行业性质分别进行处理。

    一、房地产开发企业。其开发费用是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。转让房地产时缴纳的印花税已列入“管理费用”科目、计算土地增值额时，可相应作为开发费用予以扣除。因此，纳税人在扣除与转让房地产有关的税金时，只需扣除营业税金及附加，而印花税则不允许再重复扣除。

    二、除房地产开发企业外的其他单位。其扣除项目包括地价款、房产评估价格、转让环节的税金及按国家规定交纳的交易手续费和评估费。由于这些单位转让房地产并不是主营业务，其财务制度规定，转让房地产时缴纳的印花税在“其他业务支出”、“其他营业支出”等科目中列支。因此，计算土地增值额时，扣除项目中的税金除了营业税金及附加外，缴纳的印花税也允许在此扣除。