(2)不利于监督行政机关依法行政。由于被告可以就原告或者第三人提出其在行政程序中没有提出的反驳理由或者证据的补充证据，势必造成行政机关在作出具体行政行为时仅就自己认为有必要以及相对人有提出反驳的收集相应证据，而对具体行政行为的程序上的和实体的其它的证据和依据怠于收集。

　　(3)有可能导致腐败。由于人民法院的准许是先决条件，审理案件的是法官，实际上就是法官的准许，由于法律并未具体规定何种情形应当补充证据何种情形不应当补充，也就是无从监督，实践中一些法院认为，被告按照人民法院补充证据的要求调查收集的证据可以采纳。被告也以经人民法院许可为由，认为在诉讼过程中补充调查收集证据以支持被诉具体行政行为是名正言顺的。如此就给予了审理案件的法官的自由裁量权，而这种权力又无从监督，因此必然导致腐败。

　　(4)影响审判效率。如果原告或者第三人在诉讼中提出了在行政过程中没有的提出的反驳理由，而准许被告补充证据，必然要延期审理，人民法院往往不得不中断开庭以核实补充的证据，这样就会造成诉讼拖延，使案件长时间不能审结，影响行政审判的效率。

　　三、行政诉讼被告补充证据制度的完善

　　按照“先取证，后裁决”规则，被诉具体行政行为的合法性只能由作出该具体行政行为时的证据证明。如果被告在具体行政行为作出以后还需要补充调查收集证据，恰恰说明其在行政程序中没有遵循“先取证，后裁决”的规则。被告举证应当在法定的举证时限届满以前完成，而不能在举证时限届满以后再补充证据。《解释》第28条中的第(一)项的规定并不属于补充证据，因为被告在作出具体行政行为时已经收集证据，只是因不可抗力等正当事由不能提供而已，因此在《规定》中已经将其作为可以申请延期提供的情形;至于第(二)项的规定，属于可以补充证据的特殊情形。因为原告在具体行政行为实施过程中没有提出反驳理由或者证据的，就不能要求被告针对该反驳理由或者证据去收集相应的反证，只有当原告提出某一理由或者证据之后被告才能对此提出相应的反证。当原告在诉讼过程中，提出了其在被告实施行政行为过程中没有提出的反驳理由或者证据的，这时应当给予被告行政机关收集作为反证的证据的权利。当然，被告在此情况下补充证据，仍然需要取得人民法院的同意，而且笔者认为被告补充证据其所证明的对象，也仅限于对抗原告在诉讼过程中新提出的反驳理由或者证据的而已，绝不能在补充证据之时又附带证明被诉具体行政行为的合法性，否则就违背了“先取证，后裁决”的程序规则。因此，应当将行政诉讼被告补充证据的情形更加明确具体。一般情况下，行政机关的具体行政行为主要是基于调查的事实而作出的。如依据我国行政处罚法规定，行政机关在作出行政处罚决定之前，必须查明行政相对人违反行政管理秩序行为的事实，并有确凿的证据加以证明。违法事实不清的，不能给予行政处罚，即行政机关在作出行政处罚时遵循“先取证，后裁决”的原则。这一原则，要求行政机关在作出具体行政行为时，应依职权主动去查明其所要处罚的事实。因此这类案件不应准许当事人补充证据。要确定何种行政行为准许被告补充证据，首先要分清各类行政案件的证明标准，根据行政行为的分类确定多元的行政诉讼证明标准：1、不利处分的证明标准是排除合理怀疑。这一标准主要适用于行政机关作出严重影响相对人人身权、财产权的行政行为案件：(1)限制、剥夺人身自由的行政处罚，如行政拘留、劳动教养等;(2)较大数额罚款;(3)吊销许可证、营业执照等;(4)其他关系到相对人人身权或者重大财产权的案件。2、授益行政行为的证明标准是实质性证据标准。这一标准主要适用于许可案件、奖励和给付案件等。实质性证据标准的另一种表述是“清楚的、明确的、令人信服的标准”，或者说是一个中等智力水平的人能够接受的合理标准。3、行政机关采取即时性强制措施适用“有合理怀疑”标准。当遇有严重影响国家、集体或公民利益的行为发生，行政机关需要采取紧急措施，对行为人的人身或财产予以限制，这是法律赋予某些特定行政机关的一种紧急处置权。由于即时性强制措施的主要特征是其具有紧迫性，对行政机关自然不能要求过高的证明标准，只要存在“合理怀疑”，就应当充分尊重行政机关的判断。