根据我国（水法）第四章的有关规定，每个地方政府在水资源利用方面的职能主要有三项：一是制定当地长期供水计划；二是在其辖区调蓄径流和分配水量；三是批准当地居民的用水许可。虽说这是代表国家履行政府职权的公益行为，但实际上地方政府在行使这种职权时更多的是考虑本地区的利益，于是属于同一流域的各地区之间在使用同一水流时，一地对水流的使用可能会影响到另一地的利益，因此，地方政府所拥有的这种水资源利用权所体现的利益关系很难说是一种全社会性质的公共利益，而反映的恰恰是一种地方本位利益，即私益。若以同级政府而论，则它们之间的关系是平等主体之间的法律关系，彼此之间没有领导、服从或者隶属的关系。因此，尽管政府作为法律关系的主体具有特殊性，但它们各自拥有的这种权利应该是一种民事权利，即私权。需要强调的是，在民法中它仍是一种上位的概念，目前尚无充分理由可将其归类于具体的用益物权。

　　尽管各地区都明白地方利益应该服从国家的整体利益，遵守国家制定的水资源开发利用综合规划，但全国仍发生许多地区间对水资源利用的纠纷。在处理这些纠纷时，各地区合法的水资源利用权应该受到法律的平等保护。

　　对于解决地区间相邻用水纠纷，我国法律的依据仅有（水法）第35条的规定：地区之间发生的水事纠纷，应当本着互谅互让、团结协作的精神协商处理；协商不成的，由上一级人民政府处理。在水事纠纷解决之前，未经各方达成协议或者上一级政府批准，在国家规定的交界线两侧的一定范围内，任何一方不得修建排水、阻水、引水和蓄水工程，不得单方面改变水的现状。“这一条款规定了两种解决方法，一是发生纠纷的两个地区根据相邻关系协商处理；二是协商不成由共同的上一级政府处理。由于地方利益的客观存在，所以发生纠纷后经常出现无法达成协议的情况，根据上述规定由上一级政府处理，但没有明确如何处理，根据什么实体法和程序法处理也不明确，其处理决定的权威性如何，能否及时有效地解决地区间的用水纠纷仍值得怀疑。处理地区间水事纠纷势必首先明确孰是孰非，即确认双方的水权，是否有一方侵权或者违反用水协议的情况。而这显然是民事纠纷的处理方式；

　　根据（水法）第36条的规定，对于上一级政府处理决定不服的，可以向法院起诉。问题是提起什么诉讼，是民事诉讼还是行政诉讼？上一级政府的处理决定应该是针对下级政府间的纠纷，根据我国行政诉讼法的规定，不屑于行政诉讼的管辖范围。行政法中有一项基本原则，即“禁止自身程序”，是指属于同一法律主体之下的机关之间不得提起行政诉讼。在日本，此类纠纷一般是通过民事诉讼程序解决的。我国（水法）并没有明确规定地区间水事纠纷必须先经上一级政府处理然后再向法院起诉，所以在地区间水事纠纷中受损失的地方政府也可以直接向法院提起民事诉讼，在这种情况下，法院应当按照民法和民事诉讼法进行审理，因为地区间相邻用水权属于民法中的相邻关系。由法院直接受理地区间水事纠纷是否构成审判权力对行政权力的干预呢？地方政府在其辖区内对水资源的管理行为，一方面是在行使其行政权力，另一方面也是在行使其对水资源的所有权。于是，相邻地区间的水事纠纷也可以看作是相邻民事主体行使水资源所有权时发生的民事纠纷，因此，对这种地区间用水纠纷的处理应该是民事审判权的管辖范围，并不构成审判权对行政权的干预。

　　政府以实现公共福利为目的，且根据公法而设立，在理论上称之为公法人。因此，各地方政府也有其独立的法律地位，在诉讼中享有独立的诉权。地方政府是由当地居民选举产生的，其活动经费也是由当地居民交纳的地方税负担，其行使职权的范围也限于法定的区域之内，其行为目的也应该是为了当地居民的共同利益。而当地的共同利益并不是全国的共同利益，因此当地居民的共同利益也只能是一种地方利益。在服从国家整体利益的前提下，这种地方利益也应该得到应有的尊重。各地在水资源利用方面，若某一地方行使其水资源利用权时影响到另一地方的合法权益，则另一地方政府应该代表当地全体居民的利益向侵权一方提起诉讼。根据我国（水法）的有关规定，对水资源的开发利用是由政府内部设置的水资源主管部门负责统一管理的，那么水利主管部门能否代表地方利。益提起诉讼呢？我们也注意到，实际上还有许多政府部门（如基本建设主管部门、环境保护主管部门、农业生产主管部门等等）与水利部门共同管理水资源的开发利用。虽然这种作法违反了行政法中有关“避免混合行政的原则，无法提高行政的效率，但也说明只能由政府代表地方利益提起诉讼。当然，若水利主管部门代表政府、以政府的名义起诉，则应无不妥。