由于民商事纠纷案件由法院的民事审判庭审理，相应的预先审查权也由从事民事审判的法官来行使，然而民事审判法官很可能是民事审判方面的专家，但同时要他成为刑事方面的专家而行使预先审查权则可能有些勉为其难，因为从事民事审判的法官不可能熟练掌握刑事方面的所有法律规定，他在审查时肯定会遇到法律知识储备不足的困难；而从审查技术的角度看，刑事审查与民事审判具有很大的差别，主要体现在证据的认定与事实的查明这两个方面，民事审判的法官不可能熟练掌握刑事审查在这方面的要求。与此同时，由于公安机关或检察机关随函移送的有关材料往往是一些初步的、并不很全面的侦查资料，这样一来民事审判法官在预先审查时就会显得更加力不从心，其结果是预先审查的准确性无法得到有效保障（虽然这种结果是相对的，尚需由最终的侦查结果来决定）。在公安机关或检察机关以法院预先审查的意见作为是否立案侦查的依据的前提下，如果行为人的行为本身已构成经济犯罪而预先审查认为不构成犯罪，则会放纵犯罪；如果行为人的行为本身不构成经济犯罪而预先审查认为构成犯罪，则会扩大打击面，与罪刑法定的原则相背离。若公安机关或检察机关不以法院预先审查的意见作为是否立案侦查的依据，则法院的预先审查对公安机关和检察机关就没有任何意义，这反而会加剧法院与公安机关与检察机关在权力行使方面的紧张关系，这个结果是与这一原则倡导者的初衷大相径庭的。

　　由于司法体制上的原因，在地方经济利益的驱使下，公安机关以刑事侦查为借口而插手民商事纠纷案件的事件屡见不鲜，屡禁不止，而“先刑后民”原则在客观上对这一不正常现象的愈演愈烈起到了推波助澜的作用。单位之间发生正常的民商事纠纷时，若债务人被起诉至外地法院，出于保护地方利益的考虑，当地公安机关或检察机关往往会以该单位的工作人员在该经济往来中涉嫌经济犯罪为由，对该工作人员予以立案侦查，而其目的本身并不在于追究个人的经济犯罪（不论该个人是否真正构成犯罪），而在于立案后以该案涉嫌经济犯罪为由函告已立案受理民商事纠纷案件的法院，要求该法院撤销已经受理的民商事纠纷案件，而由当地公安机关或检察机关进行刑事侦查。在多数情况下，受案法院出于外部社会评价及内部工作效率两方面的考虑，往往会顺水推舟，应债务人当地的公安机关或检察机关的要求全案移送，而将民事案件予以撤销。即使法院审查后认为不属经济犯罪案件而对该民商事纠纷案件继续进行审理，当地公安机关或检察机关也不会因此而撤销案件，他们会以法院审查结论错误为借口继续立案侦查，这在客观上会给法院民商事纠纷案件的审理带来重重障碍与困难，法院在这种情况下往往处于被动而无可奈何的境地，最后只能勉强依据程序法的规定作出实体判决，这种实体判决在大多数情况下是一个委曲求全的结果。而公安机关由于有“先刑后民”的原则做保护，其插手民商事纠纷就显得更加理直气壮，更加有恃无恐。