员工无意误删公司分配给其电脑上的资料，公司是否可以对其进行罚款呢？

具体事件如下：
我是一名应届毕业生，实习在一家大型公司，毕业后来到一家十来人的小型公司，由于之前公司电脑移交资料有备份，移交后电脑清空（保密原则），或电脑转接是就告知内有资料要转移，暂时不要清理，之后分配给的电脑完全自行处理。
我刚到这家公司并未有人告知内有资料，且内部文件夹命名混乱，不知究竟哪些有用，并占了大部分磁盘，致使我无法存放文件进行工作，命名混乱也阻碍了我查找自己文件的工作效率。
于是我向上级申请删除一些东西，并在之后一周的周报中提出电脑中命名文件混乱需要整理，但是一直没有实质性的处理，也无人来给电脑整理。于是我将F盘中资料转移到D、E盘，并将其格式化，再将E、D盘资料整理至F盘，但不幸的是转移过程中电脑自行运转，我外出现场，文件遗失未有及时发现，F盘格式化后被写入，事后找回都是无用的资料。
人事认为应该对我进行留用察看的处罚，遗失了超重要的文件造成了公司重大经济损失，做员工手册上最严厉的处罚扣除现金2000元20%年终奖，其理由为：
1、资料存在电脑是常识问题。
2、做完的项目如果客户返回翻阅遗失如何交代？
3、这些资料是前几任员工在这台电脑上工作都存在里面，造成的损失无法估计。
我有如下疑问：
1、他们自己也记不清楚里面究竟有哪些资料了，是否真是重要资料呢？我在这公司试用一个多月了，因缺少图片的源文件来翻阅过的记录是两次。
2、多年储存的资料是否换一名员工需要整理一下呢？我工作时电脑就无法开机一次，后来修好了我立即拿U盘拷走了我自己做得东西，我被告知拷走自己的东西，但是其他资料却没有人来处理，要是电脑自行耗损如何是好呢。
3、在周报中的整理提议也没人理会，东西没有之后才开始申请买移动硬盘，要是真是重要的资料因何如此怠慢呢？
4、明面上提倡保密原则，却把资料都放在试用期的员工电脑里是否有些不妥？
5、已经完成的项目，客户还会返来翻阅吗？客户自身有备份，项目已经结款，返回翻阅是否可以拒绝？不是正在进行的项目是否给公司造成了重大经济损失？
5、误删了公司文件，我并非不愿意接受处罚，但条款中说最严厉的处罚是严重违反各项规章制度，给公司造成了重大的经济损失而给我的处罚，这是否符合呢？员工手册上写入的数额要是为一万元，两万元，是否也应该罚款这么多呢？这种罚款合法吗？