未提前30天离职的应该如何处理？

公司一员工试用期刚过一星期，由于其未按公司流程提出转正申请，暂未签订劳动合同，今天提出离职申请，要求明天就不来上班了，此员工是技术部开发人员，手头仍有未完成的项目，对公司的开发进度造成很大影响，请问如果要扣除该员工部分工资的话，该如何扣？按照公司员工手册上的规定，未提前30天离职的应“支付公司一笔相当于不足通知期的工资作为待通知金”。扣除工资是否合法？
备注：公司是每月15号准时发工资，6月份工资在7月14日已经发放。