一、自行申报制度与实体税制相脱节

　　纳税申报作为一种确立应纳税额的程序性制度，应当建立在个税实体制度和模式的基础之上。换言之，税收征管手段应与税收模式配套一致。不可否认，自行申报纳税确实是当今世界通行的税收征管制度，但盲目引进忽视了一个重要的问题，那就是和其余我国所得税税制并不匹配。

　　关于个人所得税税制，世界通行的实践主要分为分类所得税制(亦称个别所得税制)、综合所得税制和混合所得税制 [1](亦称分类综合所得税制)三种。 [2]我国1980年制定的《个人所得税法》采用的是分类综合所得税制，而在1987年的《个人收入调节税暂行条例》改为分类所得税制 [3]，此后沿用至今。

　　所谓分类所得税制，是指将个人所得按来源划分成若干类别，对各种不同来源的所得，分别计算应征所得税额的税收模式。正是因为分类容易从源头控制的特点，因此分类所得税可以广泛采用源泉课征法，一般而言适用于市场经济水平落后，纳税人税收来源单一、固定的税收开征初期。而综合所得税制下，是将纳税人全年各种不同来源的所得计总，从中扣除各种免税额、宽减额、扣除额等项，就余额适用累进税率课征的税制模式。在综合所得税制下，由于不分收入来源而是一并加以考虑，税收机关无法审查每个纳税人的所有收入来源，因此自然采取了纳税人自行申报纳税制度。分类综合所得税制，则结合了两者的优点于一身。从世界范围考察，几乎不存在单纯的分类所得税制和综合所得税制，而是都采用兼具两者的混合税制，各国之间唯一的区别仅仅在于分类和综合所占的分量互有差别。 [4]根据对78个实行个人所得税国家和地区的调查显示，实行分类税制的仅占6.41%，实行综合税制和混合税制的分别占79.5%和11.04%. [5]可见，并不是国际通行的制度我们就应当盲目跟风，而是根据我国个人所得税制度的模式量体裁衣。 [6]

　　二、设计粗糙，推行困难

　　通常而言，新制度的采用往往需要经过仔细反复的论证，甚至小范围试点，并进行大量的实证研究，不断完善细节方才可行。尽管按照我国通行的实践，从《决定》下发到《办法》出台，间隔似乎已经很长了，说明国家税务总局在这个问题上着实费了番头脑;但从《办法》的规定看，寥寥四十余条，恐怕只能勾勒一个轮廓，连工笔都不到，遑论润色了。越是模糊、粗糙，越缺乏可操作性。譬如《办法》第八条第七项规定利息、股息须“按照收入额全额计算”。现实中，纳税人可能在不同银行有多个储蓄账户，即使只有一个，纳税人也很难掌握随市场规律不断调整的利息收入，只能去银行查询， [7]可想见申报纳税时银行长龙般的队伍了。这样不仅效率低下，而且影响了纳税人正常的工作。正如有人指出，在发达国家如美国，银行会将利息单通过邮件的方式送达客户，因而在我国银行不提供此类服务的情境下，只会徒累社会。而且，我国银行利息税自开征以来，长期处于停征状态， [8]即便计入总所得也不同综合所得税制那样对扣除项之后的余额征税，因此实益不大。对于已经代缴袋口的税款，纳税人还需要反向推算从而申报应税所得，同样也是舍近求远的做法。

　　同样，《个人所得税纳税申报表》(以下简称《申报表》)的设计也显得粗枝大叶。例如，关于第一项所得，即工资、薪金所得，《申报表》仅列年所得额项。而我国工资、薪金大多按月发放，而且实行超额累进税率，因此只有明列个月工资薪金细项才能反映出纳税人的真实税负;仅列年所得项，无法反映出诸如年终奖金、股票期权等特殊工资、薪金的应税额。 [9]《申报表》诸如此类的瑕疵不胜枚举，也集中反映了立法者考虑不周，整个制度的出台，显得急功冒进。

　　三、个人申报期限不合理、类型单一

　　我国个人所得税自行申报包括日常申报和综合申报两类，日常申报是指纳税人取得应纳税所得后，根据当期取得的应纳税所得项目，数额，计算出应纳的个人所得税额并在规定的期限内申报(一般是次月7日内)个人所得税款;综合申报则是指纳税人在一个纳税年度终了后，根据全年取得的应纳税所得申报缴纳个人所得税款的方式。由于我国个人所得税实行分类税制，申报期限随收入来源渠道、数额大小以及税率等方面的不同，分别按次、按月、或按年申报。这种申报期限不一的设计极为复杂，而且，还涉及到标准不一的困扰。究竟是按照权责发生制还是收付实现制确认当期收入，不得而知。

　　相比较而言，实行综合所得税制的美国，个人所得税自行申报包括预缴申报和年终汇总申报两部分，凡没有扣缴义务人的收入均由纳税人估算分期缴纳税款。年度终了，不管总收入多少，纳税人都应在规定期限内汇总申报纳税。在纳税年度起初，纳税人首先估算出本年度总所得，然后根据预估所得额进行预申报，并在一年内按估算额分期缴纳税款。纳税年度终了后，纳税人须按实际所得向税务机关提交正式的个人所得税申报表，多退少补，即采取先按季预缴，年终汇算清缴，多退少补的征收方式， [10]结算程序得以简化。

　　从可选择的申报类型上，我国目前仅允许以个人身份申报。这种单一的申报方式不仅与税收公平原则相悖，而且使税收调节社会分配、缩小贫富差距的功能大大削弱。以工资、薪金为例，如果同样三口之家，如果夫妻都就业，每人月收入1500元，应纳税额为零;而如果仅一人就业，月收入3000，就要缴一笔不菲的个人所得税。从税负上而言，反而越是生活负担越重的家庭承担的税负越重，实为不公。相比之下，美国联邦个人所得税采用单身申报、夫妻单独申报、夫妻联合申报、单亲家庭申报和户主申报五种类型， [11]申报身份不同，可以享有不同的减免费、扣除额待遇。纳税人可以根据自身和家庭情况选择最有利的申报身份，尽量减轻税负。申报身份多元，不仅满足社会多元化群体的需求，而且将生活负担因素考虑在内，真正实现了税收的实质平等。为此，有学者建议我国税收申报制度改革允许家庭申报方式应值赞同。

　　四、税收征管技术落后

　　尽管计算机网络技术在中国已经得到普及，信息技术运用也十分广泛，但在税务系统内部却不仅信息化不统一，而且技术相对落后。政府部门划地为界，缺乏全国范围内统一的信息规划和信息共享。尽管我国公安机关管理数据已经实现联网，央行也分别从2004年和2005年建设个人能数据库和全国统一企业数据库并于2006年正式运营， [12]但是由于部门分割管理，这些信息尚未实现共享。从目前看来，尽管已经有了网上申报的尝试，但普及的程度相当有限。据报道，由于缺乏加密措施，纳税人网上纳税信息将处于高风险状态。