从恐怖主义与宗教矛盾或者宗教极端主义的关系来看，我们所称的宗教恐怖主义大致可以分为三类：[44]一是与民族分离相结合的宗教恐怖主义；二是以宗教极端主义为主的恐怖主义；三是宗教膜拜团体的恐怖主义。追求民族分离的第一类宗教恐怖主义在民族问题上掺和了宗教问题。在现代社会，宗教大多成为一个民族文化传统中的一部分，所以民族问题大多与宗教问题纠缠在一起。以宗教极端主义为意识形态的第二类宗教恐怖主义，按近来的看法，伊斯兰极端主义恐怖活动是其主要代表。但我们同时要注意，宗教极端主义的恐怖主义“不只是影响到伊斯兰教，而且也是在犹太教和基督教的原教旨主义派别中发展起来的”。[45]宗教极端主义的恐怖分子尽管宣称自己以某一宗教为意识形态，但在根本上已经远离了真正的宗教，只是对某种宗教的利用和曲解。第三类宗教恐怖主义活动是宗教膜拜团体或者伪宗教所为。在20世纪90年代冷战结束后，各种狂热的膜拜团体或者披着宗教外衣的伪宗教组织在世界各地迅速发展。这种宗教的教主通常自称为神或者先知，肩负救世的使命，宣称世界灾难即将到来，引诱或强迫信徒为获救而绝对服从和崇拜教主。这种邪教的恐怖活动大多限于教徒自杀、自焚和内部谋杀，或者有病不治。

　　从中国的情况来看，宗教恐怖活动也呈现出复杂性。既有“东突”之类谋求独立建国、与民族分裂相结合的宗教恐怖主义，也有以宗教极端主义为意识形态的恐怖主义，“东突”正是以伊斯兰原教旨主义为意识形态的恐怖组织，同时还出现了“法论功”之类的邪教组织。种种宗教恐怖主义的出现，不仅扰乱了正常的社会秩序，还造成了巨大损失，更严重的是极大地影响了公民正常行使宪法赋予的宗教信仰自由。而我国宗教立法的不完善，则使打击这些恐怖活动缺乏足够的法律依据。为此，我们认为应该完善相关法律，形成一个多层级的宗教法律系统。

　　具体而言，首先我们要对宪法的相关条款进行适当修改，增加政教分离的原则。历来宗教之间，以及以宗教为名义的种种斗争和混乱，都或多或少与国家权力粘上了边。政教不能有效地实现分离，只会让宗教问题变得更为复杂或者制造新的宗教纷争。就我国的情况来看，国家在过去曾以不同形式资助过各种各样的宗教。作为保留和维护一种文化的努力，这当然无可厚非。但在今后各种各样的新宗教不断涌出的形势下，这种资助将会带来一些问题。对宗教的资助不但增加了财政压力，而且在资助过程中稍有不公，就会成为宗教之间不和的借口。考虑到我国是个多民族国家，每个民族又几乎有自己的宗教信仰，所以这在特定时候还会引起民族问题。因而，在宪法中明确政教分离原则，为国家权力在处理宗教事务时划定一条明确的界限是极为必要的。

　　其次，尽快制定一部宗教基本法律。这部法律应该根据宪法关于保护公民宗教信仰自由的条款来制定，对宗教和与宗教有关的问题和工作作出整体的系统的规范，使整个宗教工作有法可循。这部法律应该包括如下内容：（一）、政教分离的具体规定；（二）、公民在信仰宗教方面享有绝对的自由；（三）、公民宗教活动自由的限制。没有思想交流的自由，思想自由也就失去了意义。宗教信仰自由亦然：头脑中信仰什么是纯粹的个人事务，但这显然不是完整的宗教信仰自由。宗教信仰自由“应包括信奉自己所选择的宗教或信仰的自由，以及个别或集体地、公开或私下地以礼拜、遵守教规戒律、举行仪式和传播教义等表示他的宗教或信仰的自由”。所以宗教信仰自由必须附带有言论自由、著作自由、出版自由以及和平讨论的自由，而其“所受限制只能在法律所规定以及为了保障公共安全、秩序、卫生或道德、或他们的基本权利和自由所必需的范围之内。”

　　在界定一种宗教思想理论或信仰是否滥用宗教信仰自由的问题上，法律应坚持下面四项原则[46]：第一，是否强迫他人改变信仰。第二，是否危及社会秩序，或借宗教信仰自由之名，蛊惑、诱导甚至裹胁众多信徒颠覆和平政府、阻塞交通、围攻国家机关、围攻揭露真相的报社、电台、电视台……第三，是否违反通行的善良道德、操守品行观念。若有人倡导的宗教、信仰与之悖逆，就应当被视为邪教。第四，是否造成危害、侵害后果。这是限制宗教信仰自由滥用的最基本原则。