与此相联系，但更为重要的是第二点，我们的许多司法的管理者、决策者、司法改革的倡导者以及大众传媒都根本没有意识到司法制度逻辑与行政制度逻辑以及立法制度逻辑非常不同。这一点在《引咎辞职规定》中有很多反映。一般说来，在行政制度中，作为一种政治惯例，强调引咎辞职制是合适的，也是有效率的；这与行政机关的首长负责制以及行政中采取的严格科层制的制度逻辑是一致的。引咎辞职制度一方面可以迫使行政首长加强责任心，强调对下属的严格管理，要求下属严格服从命令，防止政出多门，各行其是。另一方面，引咎辞职制度也与行政部门是积极主动的执行部门相联系的。一旦行政机关采取了某项错误的实际措施，常常会带来普遍的无法挽回或难以挽回的伤害，因此需要更强有力的首长责任制来预防不利后果的发生，甚至在某些时候，需要一个政治官员出来“背骂名”。

    法院系统则相当不同。法院尽管内部也需要行政管理，但法院的基本职能是裁判，对法官的基本要求是独立作出判断，法官在行使其司法职能时是互不隶属的。即使从现实来看，我们国家的法院还具有比较强的行政机关色彩，但是如果仔细看一看我们的《法院组织法》以及有关的各个程序法，也从来没有强调或暗示法官相互之间有任何隶属关系。一些西方国家的制度甚至有意无意地强化了他们的相互独立；例如，美国联邦最高法院院长（首席大法官）仅仅是同等法官中的第一人；美国联邦地区法院和上诉法院的院长（首席法官）都由在该院任职最久的法官担任；首席法官只有少量的法院内部的行政权力以及影响其他法官的权力和能力。并且，西方各国的法院体系实际上都在不同程度上以牺牲效率（这里假定行政权更有效率）为代价，来鼓励法官独立诚实地作出自己的判断，例如合议庭制，例如两审终审制，例如法官终身制等。在这种互不隶属的制度下，合议庭的庭长甚至院长的意见并不必然更有分量；一个案件即使被上级法院推翻了或改判了，也常常不认为主审法官办了错案；总是揣摸并力图符合上级法院判决或其他法官观点的法官在各国法院系统都是受嘲弄和厌憎的。法院拒绝首长负责制和引咎辞职制的另一个制度逻辑可能是，法院的审判职能主要是消极地依法对个案进行判断，执行则由执法部门完成。因此，即使法院判决错了，这个判断一般不会立即且直接造成普遍的伤害，只是错在个案上；因此没有必要通过首长负责制来防止下属的错误。

    上面的分析显然过于简略，我自己也不认为有充分的说服力。但是，重要的是这个制度逻辑的视角；而这个视角是长期被忽视的。因为中国近代的法院制度组织结构是从西方引入的，法院本身是从传统的衙门中分化出来的；这种与传统衙门的血缘关系很容易令中国的政治家、法律家和法学家不注意、看不到或看不清西方司法制度发生、发展的制度逻辑。人们很容易并且也习惯于把法院仅仅看作是另一个政府机构，只不过是一个解决纠纷的机构，把上下级法院关系看作是另一种行政监督关系，把院长与法官的关系看成是领导与被领导的关系。加之中国近现代以来由于种种原因法律一直受到政治的很多制约，中国现代的司法可以说是到了90年代以后才真正作为一个独立的职业出现，因此，这种没有传统的传统更难让人们，包括法律界、法学界和司法界人士，注意到并深入理解司法的制度逻辑与行政部门的制度逻辑的差别。必须指出，我们各级法院的院长中的大多数，包括如今大力推行改革的最高法院院长，哪怕当初是学法律出身的，也大都“出生”于政府行政部门，长期行政部门的生活和经验以及中国共产党在长期革命战争中形成的必要的严格组织纪律，已经把行政部门的制度逻辑深深铭刻在他们对法院的管理上了。不知不觉中，行政部门的制度逻辑已经成为中国社会中统一的、标准的制度逻辑。加之现有的法院系统设置和运作本身也具有比较强烈的行政性，从而为这种行政逻辑向法院延伸以及在法院内部扩展创造了良好的生存条件。在这样一种普遍制度条件下和社会“文化”背景下，对法院制度逻辑的遗忘或忽略几乎是必然的。很容易，行政机关的改革措施被视为是同样适用于法院系统的改革措施。结果却是，法院的制度逻辑进一步受到破坏；司法的改革呈现出制度逻辑的强烈不统一。