赞成法院直接判决专利权效力的专家提出的主要理由是：（1）法院直接判决专利权的效力符合司法救济的效益原则，有利于节约行政、司法资源。（2）有利于协调判决主文同判决理由的关系，维持生效判决的权威性。当专利权明显应当被宣告无效、维持有效或部分无效时，如果生效判决书拒绝对此作出判决，则判决书的主文同判决理由显得不协调。（3）有利于相关民事诉讼案件的审理。专利无效行政诉讼一般都与民事诉讼有交叉，当法院撤销专利复审委员会的行政决定且专利权明显应当被宣告无效、维持有效或部分无效的，如果法院不对专利权的效力作出直接判断，则专利权的效力在相关民事诉讼中仍然处于不确定状态，如果专利复审委员会重作行政决定，则该决定具有可诉性，从而使相关民事诉讼被无限期中止。如果专利复审委员会不重作决定，则专利权的效力将一直处于不确定状态，也会导致相关民事诉讼被无限期中止。（4）符合国际惯例。据了解，日、韩等国负责审理专利无效案件的法院均有权对专利权的效力直接作出判断，并产生了良好的社会效果。（5）专利权是一种私权，对私权之有无和归属的判断，属于司法权行使的当然职能，法院直接判决专利权的效力没有损害当事人和专利复审委员会的权益，相反切中了当事人争议的焦点，实践中专利权人也并不反对这种判决方式。

　　也有专家反对法院直接判决专利权的效力，主要理由是：（1）法院直接判决专利权的效力的判决方式没有法律依据。行政诉讼法第54条规定的判决方式有维持判决、撤销判决、履行判决和变更判决四种，行政诉讼法司法解释增加了确认判决和驳回诉讼请求两种判决方式。法院直接判决专利权的效力，是对现有规定的突破。（2）法院直接判决专利权的效力会导致司法权与行政权之间的界限模糊不清。司法审查的对象是专利复审委员会作出一项决定是否符合法律的规定，即对具体行政行为的合法性进行审查，不能代行行政机关的职权而为具体行政行为。（3）在处理专业问题上行政机关具有优势条件，司法机关对行政机关虽然有监督制约的职能，但司法机关通常应当尊重和支持专业行政机关得出的结论。（4）法院直接判决专利权的效力后如何执行判决也面临操作上的困难，如果由专利复审委员会再作出一次决定重新宣告一次，等于同一专利被两次宣告无效；如果直接将生效判决交国务院专利行政部门登记和公告而不是以专利复审委员会的名义，则是专利复审委员会未执行判决，有损法律的权威。（5）法院直接判决专利权的效力将使当事人尤其是专利权人失去两级程序救济的机会，也会导致无效请求人在无效宣告程序中撤回其请求的撤诉权丧失。

　　还有专家认为，对法院能否以及如何在判决中对专利效力进行判定，除涉及现行法律规定外，还涉及这类案件的诉讼性质（本质上是解决当事人之间的私权争议）、诉讼规律和诉讼原理（专利复审委员会居中裁决）及未来的发展方向等，有必要继续进行深入研究论证。但至少法院可以作出指示性的判决，即仅在判决理由中对涉案专利的实质性条件等问题作出评价，在判决主文部分明确判令专利复审委员会限期重作决定。

　　二、关于专利无效案件司法复审的审查原则。专家普遍认为，在现行行政诉讼模式下，对专利无效行政诉讼案件应当遵循合法性审查原则。对“三性”等专利实质性条件的判断问题属于合法性审查范围。虽然专利司法复审的对象是专利复审委员会的行政决定，而且对“三性”等专利实质性条件的判断固然包含一定的自由裁量因素，但自由裁量并不当然意味着就属于合理性判断，“三性”等专利实质性条件是该行政决定所依据实体法律问题，对这些问题的审查判断并非行政诉讼法意义上的对具体行政行为的合理性的审查，人民法院无法回避也不应当放弃对行政决定所依据的所有事实问题和法律问题的审查。法院在判理中对专利权的有效性作出指示性的认定或者陈述的，专利复审委员会在重作决定时应当尊重并接受。但也有人认为，对“三性”等专利实质性条件的判断属于行政自由裁量范畴，特别是对创造性的认定，应当作为合理性而非合法性审查问题，司法复审应当尊重专利复审委员会对创造性等问题的认定。