对长江流域水资源的保护与公共权力的设置在实质上具有同一性，保护需要采取集体行动，而目前最经济也是最大的集体行动和公共权力体就是国家及其行动。国家要采取任何行动，都必须设置相应的职能部门，以代表国家行使权力。在现代法治观念下，无论是国家权力机关的设置还是国家权力的行使，都必须具有法律依据。法律也以其特有的规范性、概括性、普遍性、强制性发挥着其它手段和措施所不具备的作用，成为国家保护长江流域水资源的有力武器。因此，制定法律并实施法律对于长江流域水资源的有效保护是完全必要的，法律在这一领域中的作用也是得到了充分认可的。在我国目前长江流域水资源保护中存在的问题不时要不要立法，而是立什么样的法？该立法的目标、任务、功能、作用是什么？目前已有的法律制度为何不能发挥应有的作用？

在我国，国家保护自然资源，保护环境是写进宪法的一项基本国策。以宪法为基础，国家也已制定了一系列法律法规，基本上实现了水资源保护活动的有法可依。但这些法律法规都还不够健全和完善，尤其是在对流域水资源保护方面，存在的问题更为严重突出。我国现行的有关水资源保护的法律主要有四部，它们是《环境保护法》、《水法》、《水污染防治法》、《水土保持法》，从表面上看，这四不法律对我国的水资源保护问题已作出了全面的规定，但实际上在立法理论与实践中，这四部法律本身及其相互之间都存在着问题。其主要问题表现为：

1.四个法律的关系不清。上述四部法律均为全国人大常委会制定，具有同等法律效力；但从理论与实践上看，水资源管理与水土保持.环境保护与水污染防治显然都不是同一层次的问题,在立法上也应有不同的法律效力等级，才有利于对不同的行为形成规范体系，目前这种立法模式显然不能满足水资源管理与保护的需要。

2.几部法律之间的关系不协调。四部法律都对管理体制作出了规定，确立了水资源管理与保护的主管部门和协管部门，但四部法律实际上是由两个主管部门分别起草然后报全国人大常委会通过的，立法时缺乏综合平衡，立法时间有先有后，也缺乏通盘考虑，污染防治法早于水法，水法又早于环境保护法，不可能使得几部法律很好地协调。各个法律规定过于原则，可操作性不够，缺乏相应的配套法规，特别是缺乏程序性规定，致使一些法律制度的适用范围不明、具体实施时困难重重。

3.各管理部门之间的职权范围不明。由于我国目前行政机关的设立都没有专门的组织法，各部门的职权都是由各部门自己先制定方案，后报经国务院批准，各部门难免从自身利益出发来考虑问题，从而忽视整体利益，造成权力设置的重复或空白，只有分工没有协作，既不能充分发挥各部门的作用，又不能形成整体效益；反而因为各部门的权力竞争造成对整体利益、长远利益的损害。这种现象在流域水资源保护中十分典型：污染管理者、资源开发者、排污者相脱节，管理者只收费不治理、资源开发者既要开发又要治理、排污者只交费什么都不管。其结果只能是流域水资源得不到有效保护。