2、协调原则。长江流域水资源的公共性和对其使用方式的多元性决定了其资源保护管理的任务绝对不可能是单一机构就能完成的，必须有各相关部门的配合，而这种配合必须是协调的。协调是为了避免采取互不相容的政策，控制各机构的活动与决定，使大家步调一致地追求已确定的共同目标和目的。协调既要避免矛盾、又要解决矛盾，既有预防性、又有战略性，既有程序性、又有实质性。在对长江流域水资源保护的管理过程中，必然会产生权力的交叉与分割，存在实际上的权力相对分散的多元化体制，也必然会出现分权与平衡的问题。这种情况下，就必须正确处理统一管理与分权的关系，在保证管理效率的前提下，确立合理解决矛盾的原则，建立广泛的处理机构间权力冲突的机制。这种机制表现在法律上就是要明确各管理部门的具体职责与权限，明确各部门行使职权的法律程序和行为范围，以协调各部门在长江水资源保护管理中的关系。在协调原则下，统一管理是基本目标，各部门在这一目标下分权与平衡：必要的权利交叉既有侧重点又有勾通程序，适当的权力分割也不是互相推诿和扯皮的借口。统一管理机构与分管机构之间的关系也是相互配合和依存的关系，它们各自均有明确的地位、功能和作用，既不能相互替代，也不能相互竞争。

3、民主决策原则。长江流域水资源保护管理从一定意义上看就是对长江水资源这种公共资源的分配与控制。在对长江水资源供给的分配中，不仅需要有效，也需要公正、合理。使这种分配有益于实现环境保护的总体目标，有益于实现社会的共同利益，即公众的长远利益。而集体决策、民主决策，便是应用正义与公平的必要条件。这就需要合作与参与，需要有对决策过程的了解和提出批评的权利，更需要有参与和对决策进行修改的程序。因此，在功能性权力集中的同时，还必须建设决策性权力的协调合作机制，以使决策科学、公正、合理。保证合理、公正的长江流域水资源管理体制存在于民主决策与功能权力集中的复合结构之中。多元的决策与集中的控制执行相结合才能构成"完善"的长江流域水资源保护管理体制。为保障民主决策原则的实现，在长江流域水资源保护管理体制的构建中，就必须充分注意各管理机构、各管理相对人的民主权利，在法律上赋予他们相应的地位与权力，设置必要的程序，保证这些权力的实现。

（三）长江流域水资源保护机构的职权。

要使长江流域水资源保护机构承担起统一管理长江流域水资源保护的责任，必须改变其仅作为流域协调机构的现状，使起成为真正的流域水资源保护的执法主体。其职权范围因包括：
1、规划计划权。具体为负责制定长江流域水资源保护的规划和计划、总量控制计划、污染防治计划、供水计划等。

2、监督检查权。具体为监督检查流域规划和各项计划的实施和流域内各行政区的水资源保护工作，检查重点工程对长江水资源的影响，检查各项制度的实施情况并提出相应的意见和建议。

3、获取信息权。具体为流域内各行政区对所辖江段水资源保护工作的汇报，要求各地区进行排污申报，指定重点工程、重点区域、重点单位定期汇报，根据具体情况要求个别部门和单位进行临时汇报等。
4、监测权。具体为负责长江的水文、水质监测及省（市、区）界水质变化情况监测。
5、建议权。建议流域内各行政区决定限期治理、综合开发利用和综合整治等。
6、许可权。包括取水许可、沿江设置排污口许可、污染物排放许可等。
7、纠纷处理权。包括对跨行政区的水污染纠纷、用水纠纷等的处理权。
8、权。对长江流域水资源造成危害的单位和个人采取直接的和间接的的权力。
9、行政处罚权。对长江流域水资源造成损害的单位和个人予以行政处罚的权力。

（四）《长江流域水资源保护办法》的制度体系。

长江流域水资源保护的制度体系应是一个相对完备的系统，各项制度间也应具有逻辑的联系，根据对长江流域水资源保护立法的整体构想，其制度体系与结构紧密联系，主要制度包括：

1、关于全流域水资源保护监督管理的制度。具体包括规划计划制度、目标责任制度、环境影响评价制度、"三同时"制度、水资源保护基金制度、总量控制制度、现场检查制度和奖励制度。

2、关于全流域水资源开发利用保护的制度。具体包括开发利用许可证制度、供水分配制度、生态补偿费制度、水利工程的水资源保护制度、岸边工程的水资源保护制度、航道利用的水资源保护制度、渔业资源开发的保护制度、水土保持制度。

3、关于全流域水污染防治的制度。具体包括污染防治许可证制度、排污申报制度、排污收费制度、限期治理制度、重大水污染事故申报与应急措施制度、船舶污染源控制制度、陆源污染的控制制度、开发利用项目污染的控制制度。
4、关于法律责任的制度。具体包括律责任制度、民事法律责任制度、刑事法律责任制度。