最高人民法院明确主管部门后，针对部分法院赔偿办仍然将确认案件和赔偿案件一并解决的情况，2002年1月，在第三次全国高级法院赔偿委员会主任会议上，第二任最高法院赔偿委员会主任李国光副院长再次重申：“先确认，后作赔偿决定，确认和赔偿不能合二为一”，并指出：“在一份赔偿决定书中既有违法侵权的确认，又有予以国家赔偿的决定内容，这种做法违背了《人民法院五年改革纲要》精神，违背了立案、审判、审判监督与执行‘三分立’原则。今后上级法院赔偿委员会一经发现，应一律予以撤销，发回后先确认，再作赔偿决定。”至此，确认和赔偿合一的问题最终得以解决。

    经过两年多的调查研究，并经最高人民法院审判委员会三次会议讨论、研究、修改，在向全国人大常委会法工委征求意见后，形成本司法解释。

    国家赔偿法作为我国第一部国家赔偿法典，是我国人权保障制度与社会主义民主法制建设发展与完善的重要标志之一，在我国参与国际人权斗争中发挥了积极作用。但是，由于立法之初，受国家经济条件及思想意识等多方面的影响，造成该部法律在确认违法程序，赔偿范围、标准、数额等问题的规定上存在缺陷。确认违法作为国家承担赔偿责任的前置程序，如果不能依法作出，赔偿请求人就无法申请赔偿，赔偿制度就可能形同虚设，无形中，确认程序成为申请赔偿的钳制程序。既然国家赔偿法是一部人权保障法，就应当不断地充实、完善它，切实使其保障人权的立法宗旨得以实现。

    司法解释为赔偿请求人申请确认人民法院司法行为违法提供了切实可行的程序保障。第九条关于确认案件应当审查的主要内容，第十一条应当确认违法的15种情形等规定，也使受理确认案件的人民法院在实体上基本有章可循，做到依法行使确认审判权。当然，受立法的限制，这部司法解释也难以解决确认中的所有问题，但是，它还是填补了国家赔偿法在赔偿请求人申请确认人民法院司法行为违法程序及实体审理上的不足，为受诉法院正确审理此类案件提供了依据。可以说，它与其他有关赔偿方面的司法解释共同构成对国家赔偿法的补充和完善，是国家赔偿法在实践中循序渐进、不断发展的重要成果，是人民法院贯彻落实国家赔偿法保障人权的立法宗旨、体现司法为民的重要成果。同时，它的出台必将对进一步严格加强人民法院自身的管理和建设、规范人民法院的执法行为、广泛地接受社会监督，起着积极的推动作用。

    二、人民法院审理确认案件应贯彻立审分立并实行合议制