人民法院审理确认案件同样应坚持立审分立原则。申请人向人民法院申请确认的，由人民法院立案庭审查决定是否予以立案受理。经审查，符合本司法解释第三条规定、又不具有第四条规定情形的，立案后移送审判监督庭审理；符合第五条规定情形的，移送赔偿委员会办公室审理；符合第四条规定情形的，由立案庭处理。人民法院立审分立、审监分立、审执分立的改革早已实施，对申请确认案件也应按照这一原则执行。

    人民法院审理确认案件应十分慎重，实行合议制，不能适用独任审判。确认本院司法行为违法的案件，一般应当提请审判委员会讨论决定。

    三、司法解释第十一条列举的14种情形之外，确认申请人认为其合法权益被侵害并造成损害的处理

    本司法解释主要是根据国家赔偿法第三十一条的规定作出的，其中又融入了人民法院在审理刑事自诉案件中可能出现的侵犯当事人合法权益的情形。对确认人民法院司法行为违法的情形在第十一条中采取了列举的方式。其目的，一是指导各级人民法院在审理此类案件中明确把握能否认定违法的基本类型；二是明示申请人如果认为人民法院上述具体司法行为违法，可以依照该司法解释规定的程序申请确认。采取列举式不可能穷尽全部应当认定为违法的情形。而任何一部司法解释都只能对重大的、有代表性的、常见的情况作出规定。实践中，如果出现条文中无明确规定又必须确认违法的情形，可以适用司法解释第十一条第（十五）项“违反法律规定的其他情形”作出确认。适用这项条款应十分慎重，严格掌握，除确认违法各方分歧不大的情形之外，均应提交审判委员会讨论决定。这主要考虑确认案件性质以及确认违法以后的法律后果，既要切实保障确认申请人的合法权益，又要对人民法院及其工作人员负责。同时，在审理确认案件中，还应当特别注意，某些当事人可能利用确认法院司法行为违法，转嫁其应当承担的诉讼及执行过程中的风险。对此类确认案件需从严掌握。

    四、作出确认违法的裁定后是否都可以得到赔偿

    依照国家赔偿法的规定，赔偿请求人在义务机关确认国家机关及其工作人员违法行使职权后，才能申请国家赔偿。确认违法是国家赔偿的前置程序，其设置的意义主要在于：国家不能对作出的合法行为承担赔偿责任。依照国家赔偿法第五条、第十七条的规定精神，也不是被确认违法的行为国家一律承担赔偿责任。在确认违法后，还需进一步区分造成国家机关及其工作人员违法的原因。只有当国家机关及其工作人员履行职务时违法行使职权，并对赔偿请求人造成损害时，国家才承担赔偿责任。一般情况下，确认的范围大于赔偿的范围。这种关系类似于再审裁定和再审判决，被裁定再审的案件，多数会被改判，但并非100％改判，也有再审维持原判的情况。另外，审理确认案件与审理赔偿案件适用的法律及程序也有不同。所以，即使依照本司法解释的规定，作出了确认司法行为违法的裁定，确认申请人也不能当然依照该裁定获得赔偿。是否赔偿，应当由受理赔偿案件的有关人民法院赔偿委员会审理决定。