从当时谈判的整个情况看，双方争议的主要内容是：

　　第一，保护的标准-规则应如何制定，即如果通过一个协议，确定保护知识产权的实质性标准，关贸总协定缔约方是否能够接受。一些发展中国家担心，制定知识产权的新标准，将意味着知识产权所有人的利益凌驾于低收入国家的社会和发展需要之上。

　　第二，停止单边制裁-一些发达国家，特别是美国，对所谓的侵犯知识产权严重的东南亚、拉丁美洲和一些发达国家，常常威胁使用贸易报复。受到贸易报复威胁的国家认为，如果要他们在知识产权协议上签字，采取单边制裁的发达国家就必须放弃使用单边贸易制裁以解决知识产权问题。他们希望确保知识产权协议所提供的多边解决争议的办法能够替代单边的办法，而不仅仅是单边办法的补充。而美国则声称只有在乌拉圭回合对知识产权提供了更加有力的保护后，美国才会根据关贸总协定的原则修改其法律。

　　第三，对限制性商业做法的限制-知识产权协议的谈判不是关于更加自由的贸易，而是关于更多的保护。专利、版权等知识产权向发明者或作者提供了一种临时的独占权，他人未经付费不得使用其发明或不得复制其作品。发展中国家要求大公司不得滥用其独占权，以致于损害发展中国家的利益。

　　第四，过渡期 -改变国内立法需要时间。知识产权协议要求一些国家对知识产权的法律和做法进行重大修改，因为在这些国家，盗版和假冒已成为一种“新兴”的产业。因此，这些国家需要更多的时间来作出这些修改。

　　第五，知识产权协议是否应成为关贸总协定的协议-一些发展中国家担心，关贸总协定不是确立知识产权标准的地方，这一工作应交由世界知识产权组织去解决，因为这个组织管理了20个左右的知识产权公约。可发达国家却希望有一个强有力的公约。他们认为，即使这样一个公约参加者有限，也比大家都参加的低水平的公约好。

　　1991年，关贸总协定总干事提出了乌拉圭回合最后文本草案的框架，其中《与贸易（包括假冒商品贸易在内）有关的知识产权协议》基本获得通过。由于这一协议毫无疑问地包括假冒商品贸易，因此，协议的标题最后没有出现这一概念。

　　直到1986年乌拉圭回合谈判正式开始前，各国还没有就是否将知识产权纳入谈判议题达成一致意见。由此可见，从政治和技术的角度看，知识产权问题是乌拉圭回合谈判中最困难的议题之一。但1986年9月发起乌拉圭回合谈判的部长宣言决定，关贸总协定缔约方应谈判达成一项多边协议，确定知识产权保护的原则和规则，以促进知识产权的发展，并且使知识产权执法程序不至于成为不公平的贸易障碍。