2007年参加非脱产工程硕士培训，2009年重签劳动合同，请教违约金计算

2003年开始在本公司工作：
1.2005年领取1.5万住房补贴，签订专项协议规定服务15年，否则全额退还并计利息；
2.2007年参加公司非脱产工程硕士培训，学费2.25万，签订专项协议规定服务15年，否则退还公司培训期间一切费用（含工资、奖金、津贴、学费），实际老师利用国庆和周末来公司讲了几次课，其余时间我们一直在公司正常上班，每年收入约7万元，到2010年底通过答辩，获得学位；
3.2009年原劳动合同到期，续签了新劳动合同。
住房补贴协议和工程硕士培训协议均作为以前劳动合同附件，请问：
1.根据新劳动法，如果现在辞职，公司规定的将工资、奖金、津贴计入违约金是否无效？
2.如果仅认为住房补贴1.5万和学费2.25万是应支持的违约金部分，已服务的年限是否需按比例扣除？
3.按以上计算我现在辞职应付违约金约多少，谢谢