2、商业风险
通常情况下，BOT项目运营收入主要包括车辆通行收费收入、广告经营收入权、服务设施经营收入。然而，在现有框架下，投资商对于占项目收入主要组成部分的收费收入却没有自主定价权。如公路车流量减少或者第三产业的开发出现问题，就会导致投资商无法取得预期收益，严重影响其支付能力。投资商可在BOT合同中对此风险的承担作出相应约定。
3、运营风险
在运营期间，投资商无法达到合同约定的持续运营标准或出现服务中断，则可能会被政府追究相应的违约责任，面临特许经营权被提前收回或政府单方解除合同的风险。谈判中政府方面通常要求投资者承担该等风险，投资商应对此予以充分重视。
4、不可抗力或意外事件风险
投资商无法控制的不可抗力或意外事件造成的BOT项目的实施中断，这些事件可能是自然的，如洪水、风暴或地震等自然灾害，也可能是人为的结果，如战争、暴乱或恐怖分子袭击，最终导致投资商收入损失，项目设施的物质损害甚至无法修复。投资商可在BOT合同中对不可抗力或意外事件发生时合同双方责任、义务的承担进行明确约定。
5、公路存在设计/施工问题导致无法正常运营的风险
BOT公路项目中，虽然投资商（项目公司）是项目业主，但政府方面往往要参与甚或主导勘察、设计单位的选择及设计方案的审查。在公路运营后，可能会出现由于工程设计或施工过程中存在问题导致公路无法达到预期使用功能，造成投资商不能达到预期经营目标的风险。投资商可在谈判中对该等情形发生后的责任承担进行明确约定。
上述风险可通过BOT合同相应条款的设计和安排尽量避免，即投资商可通过合同谈判将上述部分风险转嫁给政府或与政府共同分担。

总之，公路BOT项目涉及到的主体较多，运作期限较长，法律关系比较复杂，且跨越投融资、公司设立、建设工程、项目运营等多个专业领域，相对来说投资风险较大，投资商在投资公路BOT项目时，首先须审查BOT项目的合法性，在签订BOT合同时须把握要点，并对BOT合同及其相关合同的整体架构进行合理安排，通过合同条款的设计和安排尽量避免和减少BOT项目投资风险。