吴某以纸箱质量不符合约定提出反诉，要求解除合同及赔偿损失，属主张合同关系解除的一方，按照《证据规则》第5条的规定，应对引起合同关系解除的事实负举证责任。本案中，当事人没有约定检验期间，根据《合同法》第158条规定，买受人应当在发现标的物的质量不符合约定的合理期间内通知出卖人，未通知的视为标的物质量符合约定。故吴某为了支持其反诉请求，必须提供证据证明以下事实：1、纸箱质量不符合约定；2、吴某已在发现质量问题的合理期间内已通知了纸箱厂。

　　如吴某所举证据已能证明纸箱确实存在质量问题且吴某已履行了通知义务，而纸箱厂未作处理的，根据《合同法》第148条、第155条，吴某有解除合同及要求赔偿损失的权利。同时，吴某对赔偿损失的数额仍应负举证责任。

　　综上所述，在法院未组织当事人庭前交换证据的情况下，当事人在庭审中提出反诉申请的，可以与本诉合并审理，在当事人按规定交纳反诉费用后，法院应重新对反诉请求指定举证期限、分配举证责任。