来自宾夕法尼亚的代表威尔逊总结了《弗吉尼亚方案》和《新泽西方案》的14点不同之处，但两者根本的不同，在于“前者以人民为全国议会的基础，后者以各邦议会为全国议会的支柱（页131），前者全国议会第一院由人民直接授权，第二院由人民间接授权，而后者仍然坚持《邦联条款》中邦联大会由各邦代表平等组成的现状。各邦平等的代表权意味着承认各邦人民主权平等，但如果要坚持全国人民主权，由于各邦人口并不相等，各邦人民作为集体在全国议会中的代表权便不能平等，这样才能保证公民个体的代表权平等。所以，《弗吉尼亚方案》实际上是”公民个体为本、统一宪政立国“的大共和国方案，而《新泽西方案》是坚持各邦分别共和的小共和国方案。

　　对《新泽西方案》的后果，来自弗吉尼亚的代表表达了他们的忧虑。16日，伦道夫说：“实质问题，是我们死守邦联方案不放，还是实施建国方案。前者的不足，通过以往的实践，已经充分暴露。要建立一个总体政府，只有两种模式：第一，武力统一，如佩特森方案所示，第二，通过真正的立法，如弗吉尼亚方案所示。武力统一已被指为不切实际，耗费钱财，对个人残忍。而且，一旦使用武力，就免不了同室操戈，血流成河，动乱四起，生灵涂炭，最后，是训练人民去为野心效劳。因此，我们必须采取国家对个人立法的方式，这是邦联议会无法胜任的。”（页135）这一点，来自弗吉尼亚的梅森在5月30日辩论中就已指出：“处罚就其本质而言，不可施加于作为集体的邦，因此，必须建立一个能直接管理个人的政府，处罚那些罪有应得的个人。”（页22）由此可以看出，《弗吉尼亚方案》和国家主义者要求全国议会两院都由各邦人民直接选举产生，议员名额按照各邦人口比例分配，并不全是为了维护大邦的权力；全国议会由全国人民选举、全国人民向全国政府授权的同时，就建立了全国政府与公民个人之间的法律关系，全国政府就可以越过各邦政府，直接向人民征税、征兵，以维护国家内外的安全与秩序。弗吉尼亚方案，如伦道夫所说，实际上是一个通过建立全国性代议制、在全国层面建立共和国的方式，实现北美13邦的统一。而如果在全国政府下保留各邦主权，法律以各邦为义务主体，当各邦不遵守法律时，如《新泽西方案》承认的那样，全国政府只能以武力维护法律尊严。而各邦反抗时，就不免要酿成战争。

　　后来和麦迪逊一起撰写《联邦党人文集》的汉密尔顿是纽约代表团的成员，因为年轻（32岁），也因为和纽约邦另两位代表意见相左，在会议上一直保持缄默。这时看到局势危急，不愿再袖手旁观，于是挺身而出，反对新泽西方案。他反对的方式，是赞美英国的君主制，并提出一个类似选举君主制的方案。联邦最重要的行政权由一名选举出来的行政官掌握，行为良好得继续任职，他有权否定一切准备通过的立法，执行一切已经通过的法律，有权指挥战争，缔结条约，任命官员。他的方案虽未得到讨论，但却表明了他和纽约邦其他代表的分歧，而这实际上是纽约市与纽约邦的分歧。这是6月17日。

　　6月18日，麦迪逊对代表做了长篇说服工作，大会终于表决同意继续讨论13日被推迟在《弗吉尼亚方案》基础上形成的全体委员会报告，《新泽西方案》被搁置。制宪会议的第一个危机过去，会议转入第二阶段。

　　此后，会议讨论了全体委员会报告中的许多问题，虽然也取得一些进展，但根本问题仍然是全国议会第二院的席位分配问题。经过对这个问题两天毫无进展的讨论后，制宪会议最年长、时年81岁的代表富兰克林，在6月28日提出一项动议：“从今天起开始祷告，祈求上帝协助，保佑我们的讨论，每天上午开始议事之前，先举行祈祷，聘请本城的一两位牧师，来主持祈祷仪式。”（页233）

　　不知是否富兰克林的动议起了作用，29日，来自康涅狄格邦的代表约翰逊，提出了后来达成妥协的方案基础，约翰逊说：“先生们立论的立场不同，这场争议将永无休止。一方认为，各邦是构成政治社会的人民的选区；另一方认为，各邦是多个政治社会。事实是，各邦确实以政治社会的形式存在，看看邦的政治能量，总体政府是要为各邦而组成，同时又要为组成邦的个人组成。……总的说来，在某些方面，应该从邦的政治能量来看待它们，在另外一些方面，邦应该被视为个人组成的选区，……与其让这两个方面相互对垒，不如把他们结合起来；一个院代表人民，另一个院代表各邦。”（页234－235）