从全国各地反映的情况来看，党支部和村委会“两委”关系不协调、乡（镇）同村关系紧张最为突出。
2、村民委员会与村党支部的关系问题
目前，由于缺乏全国性的统计资料，我们无法准确判断全国农村党支部和村委会的关系状况。但是，一个不争的事实是，在全国，实行村民自治以后，尤其是 1998年全国农村普遍实行村委会直选以后，农村党支部与村委会的关系明显恶化。两委关系协调融洽的只占少数，多数属于勉强维持合作与和平共处、相安无事，少数属于不协调甚至严重对抗。根据广州市市委组织部和市民政局的一项联合调查，1999年广州市郊区974个建制村实行村委会直选以后，虽然党支部同村委会关系协调融洽和能够基本保持正常合作共事的占绝大多数，但是关系很不正常甚至严重分庭抗礼的也相当突出。村委会与村党支部的关系，实质是基层民主政治建设与党的领导的关系。在现实生活中，村委会与村党支部的关系不协调有两种表现：一是有的村委会不能自觉地接受村党支部的领导，把村民委员会引导村民自治同村党支部的政治领导和保障作用对立起来，加上有的村党支部班子涣散，使村支部起不到村级组织的核心作用。二是各种村级组织的权力过分集中到村党支部，甚至集中在村支部书记个人手中，村委会和村民会议的自治权力实际上被悬空。根据广东省委宣传部和广州市社会科学院的一项调查，在广东全省，1999年底实行村民自治制度的村共有22056个，其中，村党支部书记和村委会主任交叉兼职的占53%。在未实行交叉兼职的村，村支书同村主任往往在工作中产生矛盾。村党支部书记和村委会主任交叉兼职是现在解决“两委”关系不协调问题比较普遍的做法，其中山东聊城市的做法被引为典型，山东聊城市在解决村委会和村党支部之间的关系问题上的做法是：村党支部书记必须以候选人的身份参加村委会主任的竞选。当的票率未能超过半数以上的，意味着不被群众欢迎，将在党内被罢免支部书记职务。该职务由当选为村委会主任的人兼任。如果选出的村委会主任不是中共党员的，村支书一职暂时空缺，等该村委会主任入党后兼任。
在实行村民自治制度以后，农村党支部和村委会的关系出现不协调甚至对抗性矛盾的原因很多，有公众认同感上的差别，《村组织法》规定：“村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众自治组织。”“村民委员会主任、副主任和委员，由村民直接选举产生。村民委员会每届任期3年，其成员可以连选连任。”“年满18周岁的村民，部分民族、种族、性别、职业、家庭出身、宗教信仰、教育程度、财产状况、居住期限，都有选举权和被选举权。选举村民委员会，由本村有选举权的村民直接提名候选人。候选人的名额应当多于应选名额。” 根据这一规定，使每个成年的村民都享有直接选举村委会干部的平等权利。村委会成员是选民直接选举产生，是民主选举，具有广泛的民意。本来应该具有广泛民意的村党支部，现在却相反了，这应该引起我们执政党的高度重视。此外，我认为主要的原因还是一部法律两种解读和乡镇对村民委员会的管理方式。《村组织法》已经明确规定了村公共事务由村民委员会负责，然而，一些地方党的农村基层干部习惯于过去党的一元化领导模式，村党支部因村公共事务由村民委员会负责而困惑而不安，去找镇党委，镇党委也发现自己的领导核心作用权力被削弱，他们找不到自己的位置。于是他们充分利用《村组织法》第三条之规定：“中国共产党在农村的基层组织，按照中国共产党章程进行工作，发挥领导核心作用；依照宪法和法律，支持和保障村民开展自治活动、直接行使民主权利。”利用了人们对“党的领导” 和“领导核心作用”的理解存在片面性和偏差，让镇党委、村党支部等基层党组织“发挥领导核心作用”，不尊重村委会应有的法定权利（因而村委会与村党支部的关系问题也会间接表现为村委会与乡镇党委的关系问题）。乡镇党委和政府在推行政务、指导村务时理所当然地把村党支部当作自己天然的依靠对象和忠实的“嫡系部队”（乡镇党委和政府与农村党支部是领导与被领导的关系），而将村委会当作怀疑对象和“异己力量”（乡镇政府与村委会的关系是指导与被指导的关系），在农村两套班子中搞亲疏关系，阵线划分，人为地制造两委对立。