由于乡镇政府机构吃财政饭的人员队伍庞大，目前我国乡镇政府产生了巨大负债。1999年，乡村基层债务总额大约在3000亿~6000亿元，而2004年，乡村债务总额上升到了6000亿~10000亿元，负债最高的乡镇债务额超过1亿元。
牛竹梅教授说，乡村过度负债会影响乡村正常工作的进行，影响全面建设小康社会的目标实现，削弱了农村集体经济的实力，影响了党群关系、干群关系以及基层政权的巩固，同时，呆账坏账的增多，以及债券向个人和非金融机构的转移，也会增加金融风险，产生很大的负面影响。
财政部财政科学研究所副所长刘尚希研究员向记者表示，这种现象的根源在于“风险大锅饭”。“乡镇政府的领导借债的时候，也不会想到还不上会带来什么后果，这就是风险大锅饭。”
此外，有关研究也表明农村税费改革后，乡镇财政危机程度加剧主要表现在2个方面：一是财政收支缺口无法弥补；二是到期的债务无力清偿，导致的结果是乡镇难以正常运转。业税取消后，使县乡两级政府既有的财政困境和债务问题更加凸显，而这些问题能否顺利尽快解决又直接牵涉到乡镇机构改革等一揽子农村改革问题。
由此看来，我国行政成本与民众负担总体偏高，农村尤甚。因此，大幅度降低“官民比例”（尤其是农村），当成为未来政府机构改革的重要制度取向。
3、乡镇内部结构存在弊端

党政不分，权力结构不合理。当前多数乡镇政权的权力结构是一种党一元化领导、乡镇长负责制有名无实、乡镇人大职能严重虚化的以党代政、不合理的基层政权体制。
（1）乡镇机构臃肿，人浮于事。目前全国大部份乡镇基本属于“吃饭型财政”甚至“要饭型财政”，负债现象普遍。相应的乱摊派、乱收费现象时有发生。仿效上级政府建立起自己的垂直控制系统,在各村设置了不少派出人员（驻村干部）,肢解了村委会的职能,造成了乡村之间的矛盾和摩擦。
（2）乡镇领导唯上不唯民。在现行干部体制下，乡镇领导干部的任免实际上均为上级所决定，怎样迎合上级、做出政绩就当然是乡镇领导的优先考虑的问题，因此也就不难理解在大多数地方出现“政绩工程”、“形象工程”，甚至“欺上瞒下”“虚报数字”，“上有政策，下有对策”等现象了。由此造成干群关系紧张、国家的威信受损、乡镇政权存在潜在危机。
从对乡镇现状的分析，我们不难理解在村民自治中乡镇政府、党委要对村民委员会众多干预。社会基层自治，尤其是村民自治，在现实生活中之所以面临着种种不理解、不支持甚至阻力，一个十分重要的原因，就是它涉及到基层自治组织与基层党政机关之间关系的调整与转变，触及到基层党政机关及其公职人员的既得利益和工作方式。乡镇政权是我国农村的基层政权,在国家政权体系中居于基础和末梢地位。国家在农村的各项方针、计划和任务，都要由乡镇政府加以贯彻落实。但乡镇政府本身拥有的公共权力很小,掌握的公共资源也很少，在压力型体制下,乡镇为了完成上级指派的超出其本身能力范围的任务,就只好通过各种手段向上要权,向下要钱(资/源),甚至瞒上欺下。这可以说是国家行政权力对乡村社会事务介入过深的必然结果。当前的乡镇政治组织制度是在计划经济时代和高度集权的体制下形成的，在当时强调的是行政干预至上，因此形成了机构庞大、无所不能的政府（计划思维）。而在市场经济已基本建立（市场时代）、民主法制建设迅速发展的今天，原有体制已不能适应形势发展的需要。在现阶段，要确保市场经济的有效运行、社会的良性发展，适应民主法制化潮流，要求的是服务性的弱政府结构，亦即强调政府职能和角色的转变，应该变微观管理为宏观管理，变管理者转为服务者。