2.不足之处。相对于本次机构改革的深广程度来说，前期的调研和行政组织法律等准备工作显得有些仓促，以至于某些决策有悖于本次改革的精神，同时也遗留下了一些短期内无法解决但在一定程度上会给机构改革带来负面影响的问题。这主要表现在以下几个方面。

　　──纺织总会和轻工总会本来已不在国务院系列，让它们向行业协会过渡是上一次机构改革已经解决了的事情，这一次却使它们回到政府行政系列，确实出乎意料；再如有色金属总公司分解为三个大型集团公司，是国有企业改革的题中之意，看不出有成立有色金属局的必要；建材局在屡次机构改革中都保留下来也是令人费解的现象。

　　──在各专业部门大力改革和削弱的有利条件下，不应解散而是应充实国有资产管理部门，如成立国有资产管理委员会，代表国家统一行使国有资产保值增值的职能。令人失望的是，本次改革使中央一级国有资产和国有大型企业的管理陷入混乱局面。插手这一块的有财政部的产权登记部门、有国家机关事物管理局、有国家经贸委、有对外经济贸易合作部、有人事部甚至还有国务院办公厅。大型企业稽查特派员是一种外部监督制度，它并不介入企业的内部治理结构。那么现在谁作为国有产权的代表进入到企业的治理结构中去呢？这个问题没有解决，本次机构改革就不能说是成功的。

　　──非竞争性行业如铁路、电信、邮政、广播、电视、城市公用事业如何政企、政事分开，如何通过国有独资公司或政府公司制度来规范这些企事业单位的经济行为，本次改革没有触及。而谁都清楚，这些行业存在的问题决不亚于竞争性行业里国有企业所面临的问题，而且都是消费者极为关心的问题

　　──机构改革和政府组织机构的调整都应该纳入行政法制化的轨道，即必须由法律来产生政府机构，通过法律把政府机构的行为规范化。我国的情况则相反，是先有行政机构，再由行政机构来产生法律。由此而来的法律必然失之公正，而且在法律产生之前，相关行政机构的行为得不到制约，很可能有损相对人的利益；此外该机构还可能被随意调整甚至撤消。本次改革也不例外，没有修改药品管理法而产生新的药政机构“国家药品监督管理局”；没有出台电信法而产生政企尚未分开的电信管制机构“信息产业部”；国土资源部与劳动和社会保障部等新机构也面临类似问题。

　　这里有必要特别讨论国家经济贸易委员会的行政性质问题。由于经国家济贸易委员会除近期国民经济运行的宏观调控职能外，还接管了由部改为局的工业部门的经济调节、生产运行、投融资导向、技术进步、军工配套、进出口以及监督管理国有大型企业等微观管理职能。因此它活象一条“人鱼”，上半截是日本“通产省”，下半截是80年代的国家经委。作为“通产省”，行政指导是它的基本行政行为；作为国家经委，它则可以发布行政命令。在行政法学上，行政指导是非强制性的，相对人不服从，无须承担法律责任；相反，有误导效果的行政指导则必须对因此受损的相对人负赔偿责任。行政命令是强制性的。以往由经济综合管理部门施行的行政命令的作用范围是国有（营）企业，但在非国有企业已占国民经济大半壁江山的今天，如果没有明确的职能划分和严格的法律界定，如何能控制它将行政命令的触角伸向非国有经济呢？国家济贸易委员会随时都可能跨越宏观和微观的界限，随意使用行政指导和行政命令，由此给企业造成经济损失。这个问题不解决，本次机构改革必然马失前蹄，无功而返。下文要讨论的“行业自律价”问题便能说明这一点。

　　今后政企关系之间可能产生的主要矛盾

　　如上所述，随着大部分竞争性产业主管部门的削弱，政府微观管理的重心应该转移到国有资产权益的维护和对非竞争性或模拟竞争性产业的直接控制等方面来。同时，包括这些产业在内的所有产业的各种类型的企业，今后更多要打交道的，是那些得到进一步加强的具有行政执法监督权力的微观管制部门。政企之间这种直接关系的转变，尤其在磨合时期，不可避免会产生某些新的矛盾或使原有的矛盾更加突出。