法院审查校规合宪性应遵循法层级效力规则、校规合宪性推定规则、正当法律程序规则、审查事项有限规则等基本规则。其中，审查事项有限规则是为了保证大学学术领域的自由,惟有如此方能促进高等教育的健康发展。审查例外事项很多,如对学科知识、专业技能的评判,意见的优劣等,但是此处所指的审查事项有限规则主要是指学术问题不审查规则和制定动机不审查规则。
（二）高校行政行为诉讼
高等学校管理权作为社会行政权,具有高权的特性,存在被滥用的可能,而且其对学生的不利处分所造成的后果之严重,影响之强烈,不亚于任何政府机构,应当接受外在监督,包括司法监督。“有权利必有救济”的思想,在高校实施自主管理行为中应得到体现。
借鉴德国“特别权力关系”的“重要性理论”,高等学校对学生所作的管理行为若涉及公民的基本权利,如受教育权、生存权等,应当可以起诉。因为在庞大的学校权力与弱小的学生权利之间,司法权作为公民权利的救济者,有必要介入其中,均衡双方的力量对比,以促进、维护公平。具体而言,可以起诉的高校管理行为主要是不予录取、勒令退学、开除学籍等足以改变学生身份的处分或决定。因为高等学校学生身份的取得是一种公共行政确认,并且此种身份与宪法和法律所保护的权利与利益紧密相连。当身份被限制或剥夺以后,相应的权利与利益也因此丧失。另外,对学生权益影响重大的其他处分也应允许司法介入,如不予核发毕业证、学位证的行为。是否核发毕业证、学位证,多涉及专业判断,属于专业性管理行为,专业性内在地要求自治,似乎理应拒绝司法规训。但专业事务的处理一旦涉及权力的因素,常常“因专业而蛮横”,就不再是纯自治性的了。如果没有外在的制约,专业权力一样可以导致专断、粗暴和腐败。由于公正的学术评价、毕业证、学位证不仅具有财产权意义,也具有名誉、尊严等人身权意义,不予核发毕业证、学位证的行为将严重影响学生的权益,与学生的就业、社会评价及发展密切相关,一旦遭到侵害,应当获得司法救济。至于为了实现维持学校正常的教学研究目的,高等学校的日常作息安排,一般纪律处分以及涉及学生的品行考核、成绩认定、论文评定等高度人性化判断的行为,均属于高校自主管理事项,司法不应介入。[9]
在我国,司法实践已做出了选择,北京市海淀区人民法院首开高校作为行政诉讼被告案件的审查,其具有划时代的重要意义。将高等院校列为行政诉讼的被告,适用行政诉讼法来解决它与管理相对人之间的行政争议,有利于维护管理相对人的合法利益,监督事业单位、社会团体依法行使国家赋予的行政管理职权,有利于化解社会矛盾,维护社会稳定。[10] 2000 年 3 月最高人民法院《关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》就明确指出:公民、法人或其他组织对具有国家行政职能的机关和组织及其工作人员的行政行为不服,可以提起行政诉讼。这一规定没有沿袭“具体行政行为”的提法,而改用了“行政行为”,应当说对公民权利的保护更为有利,也为将学校纪律处分等行为纳入行政诉讼的受案范围进一步奠定了基础。同时在我国台湾,1995年司法院大法官作出的“382号解释文与解释理由书”指出:“各级学校依有关学籍规则或者惩处规定,对学生所为退学或者类似之处分行为,足以改变学生身份并损及其受教育之机会,自属对人民宪法上受教育之权利有重大影响,此种处分行为应为诉愿法及行政诉讼法上之行政处分。受处分之学生于用尽校内申诉途径,未获得救济者,自得依法提起诉愿及行政诉讼。”