国有产权委托代理制的其次一个不足之处是委托代理的行政性太强。这不仅表现在国务院与各政府机构在国有资产的委托代理上，基本都是一种行政性的委托代理，而且政府与国有投资控股公司的委托代理也在很大程度上是行政性委托代理，甚至国有投资控股公司与其出资的企业之间的委托代理，也是一种行政性的委托代理。因此，国有产权的委托代理制应该由行政性委托代理转向企业性委托代理，将国有产权的委托代理制建立在市场经济的基础上，不要用党组织的组织法及政府的行政方法构建国有产权委托代理制。
　　国有产权委托代理制的另一个不足之处是委托代理的链条太长。因此，应该尽量缩短委托代理的链条，尤其应尽量缩短政府机构之间的委托代理链条，例如中央直接管的国有资产不宜经过太多的部门进行代理，应由国有投资控股公司直接与中央某个负责国有资产管理的机构发生委托代理关系。又例如，地方政府直接管的国有资产，应直接由政府某个负责国有资产管理的部门与国有投资控股公司发生委托代理关系，尽量缩短行政性的委托代理关系。
国有产权委托代理制还有一个不足之处，就是国有投资控股公司与其出资企业之间的委托代理关系虚设。国有投资控股公司与其出资者之间的委托代理制是一种企业性委托代理制，问题是这种企业性委托代理制的实现形式是什么，如何使这种委托代理制成为实实在在的委托代理制，解决委托代理虚设的问题。从目前的经验来看，国有产权代表制度无疑是一种很好的选择。上述我们对于这种国有产权代表制度做了详细的论述，应该将这种在实践中行之有效的制度，能够不断法制化，形成总体性的制度安排