统筹城乡发展、破除二元结构是2010年中央一号文件的重要主题。事实上，在环境保护领域，历史上也客观存在着重企业环境管理、重工业污染防治、重城市环境综合整治，而忽视农民环境意识的提高、忽视农业面源治理、忽视农村环境面貌改善的二元结构问题，严重影响城乡生态环境的统筹发展。农村环境保护与城市环境保护相比，在地方立法、制度建设、经费投入、规范管理等诸多方面都存在明显的环境二元壁垒。

　　在立法重点上，我们环境保护立法的重点还是局限于企业、城市与工业，有关农村、农业方面的环境法律法规并不多，《环境保护法》、《农业法》等对农村环境虽有涉及，但未能将农业环境与农业自然资源的保护协调起来，特别是目前一些突出的环境问题，如农业面源控制、农药污染、畜禽养殖等还存在立法“空档”。虽然环境政策制订者的初衷并不想偏离农村，但现实却始终无法多方兼顾。在机构建设上，省级环境管理人员明显多于省辖市，省辖市明显多于县(市、区)，越往基层人员编制就越少，乡、镇、村的管理人员最少，而环境管理的地域空间却随着管理的延伸，范围越来越大。因此环境管理很难向乡镇、农村延伸，一些地方出现“无人管、管不了”的尴尬局面。环境恶化得不到尽快控制，又反过来加重了农村环保工作的任务。在环保投入上，通过创建园林城市、最佳人居环境城市以及国家环境保护模范城市等活动，城市的环保投入不断增加，环境质量呈现恢复转好的态势，但广大农村除各种创建示范点有少量投入外，有些地方连正常的工作经费都难以保障，小城镇和乡村聚居点十分落后，脏乱差现象突出，严重滞后于经济和城镇化发展水平。在环境管理制度上，我国已建立了完善的“老三项”、“新五项”环境管理制度，其核心都是以工业、城市、企业为立足点，以农业、农村、农民为基础的环境管理制度还很少。在环境政策执行上，农村环境经常被忽视。如为解决城市污染企业扰民问题，许多城市相继提出了经营城市的理念，用出让污染企业现有土地的方式，实行污染企业搬迁，实施“退二进三”，大量的污染企业就像当年的知青上山下乡一样，不断涌向农村的广阔天地。事实上，这种污染转移从20世纪80年代农村乡镇企业快速发展时期就已经开始，后来愈演愈烈，慢慢改变着城乡污染的格局，恬静的乡村逐渐被污染侵蚀。

　　总之，现有的环境保护体系在一定程度上忽视了农村环境的保护和治理，忽视了最大区域的农村、最脆弱的农业和占人口最大比例的农民。环境问题对农村发展的制约和影响是非常大的，农村环境污染和生态破坏相交织，不仅侵蚀瓦解农业基础地位，影响农村人口的生活质量，而且威胁到他们的健康，甚至通过水、大气污染和食品污染等渠道最终影响到城市人口。弱小的农村、弱质的农业和弱势的农民已经成为环境问题的重要受害者。