申报登记制度只是要求排污单位按时地如实地向环境保护部门申报登记所规定的排污方面的事项，只要履行登记手续，环境保护部门不需对申报单位的排污量作出否或可的表示。而排污许可证则要求申请单位向主管机关提出申请，受理机关审查批准，发给许可证，并定期监督检查。

　　排污申报登记制度和排污许可证制度虽然有以上区别，但也有内在的联系，如两者都要求排污者如实申报登记有关排污情况，两者都能为环境保护主管部门提供有关排污或治理方面的信息。

　　三、排污许可证制度

　　1. 实行排污许可证制度的做法

　　(1)排污申报登记

　　(2)污染物总量规划分配

　　(3)审核发证

　　(4)监督管理

　　2. 排污许可证工作流程及实施流程

　　1.确定目标;2.拟订方案;3.组建机构;4.成立领导小组;5.技术组;6.调研工作;7.培训人员印制资料;8.提出总体方案;9.布置工作;10.试点申报;11.收集资料;12.交流信息;13.初表申报;14.填报;15.正表申报;16.试点申报小结 全面申报工作展开;17.建立数据库档案库;18.确定功能;19.确定目标;20.确定污染物总量;21.确定允许进入量;22.确定削减目标;23.确定分配削减比例;24.计算标准状态排放量;25.分配区域削减量;26.研究企业削减方案;27.研究各类方案费用;28.调整分配方案;29.调整目标再循环优化;30.确定执行方案;31.执行分配;32.审核材料;33.初审排污指标;34.协商对话;35.初定方案;36.优化选定;37.审批;38.签发许可证;39.建立制度;40.抽查;41.总结经验;42.修改完善制度;43.完善改进工作;44.准备鉴定;45.排放资料集;46.规划研究;47.治理措施优化;48.环境容量信息;49.论文资料集;50.技术研究报告;51.工作总结报告;52.管理办法;53.建立数据库档案库;54.鉴定。