1、管理主体不明。对某项行政事务所归属的行政主体必须明确，主体不明确，行政机关相互间容易产生扯皮或相互推诿责任。如对综合性港口以及专用水域、航道、锚地的管理主体定位问题，由于国家有关部门目前对“以商为主”还是“以渔为主”没有一个明确的认定标准，事实上国内众多港口确实也存在“商、渔”地位彼此不分主次的现象，再者在众多综合性港口中，商业和渔业码头交叉布于其中，商船和渔船共用水域、航道、锚地，客观上也很难划定商船或者渔船专用的水域、航道、锚地，因此，实践中有关部门对众多综合性港口未作明确定性，导致相应的安全管理主体无法落实，这一问题的存在同样影响到船舶防污染管理主体的落实。
2、管理职能交叉。管理职能交叉指某项行政事务涉及两个或两个以上行政主体的管理。在综合性港口中，依然存在行政主体管理职能交叉的现象，如对港内渔供船的管理，以石浦港为例，港内有渔供船约150艘，其功能主要是为港内锚泊渔船补给、渔民上下渔船、鱼货卸运提供服务，按照国家有关法规应视为渔业辅助船，由渔监部门负责管理，但是这类船舶又参与岛际间货运、岛上村（渔）民进出客运，以及上附近岛屿进行观光旅游等活动，这又涉及到海事部门的管理职能，当地有关部门采用“日查夜堵”的方法打击过该类船舶参与客货运输，由于目前岛际间客货运输交通工具没完全解决，现阶段要彻底取缔难度很大，再者其本身处于监管的 “中间地带”很难鉴别其某一航次经营行为的性质，这客观上造成了水上交通安全管理中的管理职能交叉，管理中容易导致滥用权力、责任不清等现象的产生。
3、管理要求不统一。海事、渔监两部门设置在同一综合性港口中并对外行使行政执法职能，由于存在阶段性管理侧重点不同步、行政管理和执法工作内容和要求不一致、执法中所适用的依据和标准不相同，对某项行政事务的管理容易造成“一严一松”现象，影响了执法的权威性、连贯性。如对石浦港内油供船的管理，由于当地海事部门对油供船的管理根据法规要求从船舶状况、船员配备、航行作业等各个环节都作了规范要求，导致原由海事部门实施安全监管的一定数量的港内油供船继而转向由渔监部门实施管理，挂上了渔业油供船的“头衔”，但又从事为商船的供油作业，而日常监管中海事部门对渔业油供船从事为商船的供油作业行为无法做到根本性的控制，这对该类船舶的规范管理造成了一定的难度，影响到管理的权威。
4、管理协调机制难以有效形成。海事、渔监虽归口不同的管理部门，但行政管理和执法的性质、内容以及相关要求等有诸多共同之处，特别是在综合性港口的水上交通安全管理秩序的维护等众多管理领域需要两部门的通力合作、密切配合，才能将安全管理工作做实做好。实践中，在船舶登记、船员持证、动态监管、搜寻救助等诸多方面由于种种原因未能做到资源共享、信息互通，特别是在搜救中往往存在搜救指令不畅通、派艇时找理由推诿、现场通信联系困难等现象。在国内众多综合性港口中，海事、渔监两部门也未形成定期或不定期的联席会议等协调制度，直接影响到监管的效率。