该情况是否可以申请劳动仲裁，应该如何申请及索赔

您好，我是2006年4月进入某大连公司北京办工作，由于公司部门矛盾，导致我从2006年4月-2007年12月期间无劳动合同，公司也未为我上各项保险等，2007年12月开始，由于国家监管严格，新劳动法实行，公司才同我签了三年的劳动合同。2009年7月份，所属部门领导由于个人喜好，想劝退我，但只是口头沟通，不肯下书面通知。后因无法协调赔偿金，我未主动离职，直到2010年2月拿到年终奖才申请离职。可是仍因为这个领导的原因，我于2010年2月25日申请离职，直至3月31日仍未办理完离职手续。期间，我的工作及财务交接早已完成，但公司迟迟不开离职证明，致使我丢失了一份月薪3000元的工作，而且这四年，我们公司都没有工资条，总务部也不许员工问自己的福利待遇。据说公司在大连有政府关系，因此有恃无恐。根据以上情况，我想咨询：1）是否可以申请劳动仲裁；2）申请劳动仲裁应该在北京还是大连；3）如果申请劳动仲裁应该以什么理由申请，需要什么证据；4）应该如何核算赔偿金，依据是什么。以上，谢谢！