离职过程中遭遇的扣款

我之前任职于一家电建公司的工程技术人员，今年3月份离职时遭遇一些扣款问题，详细情况如下：
从2010年七月开始我在该公司中东的项目工作，2011年10月份我申请了为期一个月的休假，得到项目部批准后我回国休假，因体检时检查出一些状况，所以未按时返回项目，也未及时请假，后来在项目部一直催促下用公司的lotus邮件给项目经理 工程部主任及专业领导发邮件请假希望春节后再回去，并附有医院的检查报告。未得到邮件回复，但项目部态度很强硬，必须马上返回，我一气之下决定另寻他路。后来找到其他公司，并与3月份去原公司办理辞职手续。
在辞职过程中，以假期未得到项目批准为由，将11月底至3月已经发放的工资奖金及其他福利全部扣回，并将项目上的考核2700多美元从我的工资中扣除，项目上的考核是由工程部 质量及安全等部门对专业开出的极个别情况下才会对某个人开出，就是说这2700多美元的考核不是在我的名下，是在专业或某个负责的单项的名下，当时负责该单项的共我们两个人。而且我离职时未提供给我这些考核单据的复印件，交款时也未给予收据。但肯定的是，这些钱不交，离职手续巡回单不会得到财务签字，就不能完成离职证明。
请问以上原公司的扣款行为是否存在不妥。