辞职后工厂罚款多于工资总额 倒欠几百款怎么办？

在一个工厂上班，公厂规模不大，没有签订劳动合同协议，无五险一金，没有看见灭火器，且消防栓破烂不堪，涉及到涂擦有害药水没发放口罩，上了一段时间班，根据初到公司时的劳动法薪酬制度，工资还算可以。4月11日公司突然改变制度，以前的计时工作制度 4月11日后 改为定额计件制度，也没有拿出协议书给大家签，就只发了通告出来，刚开始求安稳，便并没认真关注 继续工作，4月15日-4月20日为工资发放日，工厂延迟了3日发放3月工钱，我对公司薪酬制度变更和老是延时发放工资不满意于4月29日去辞工，辞工也倒干脆，主管就同意了，并保存了辞工申请书，辞工单上离职期限为4月29日到5月29日，5月29日正式辞工到期。然而5月20日又超过了发放4月工资的协定时间，员工纷纷不满 并罢工了两天，工厂见此状况，5月22日工厂又拿出了一张以员工身份提出的申请协议书，如下： 《 申请书》
各位领导：
根据公司发布实施的《**（公司名）光电镜片加工定额考核薪酬制度v1.0》、《**》及《**》条文，我们希望做如下修改：
1.第一周考核系数0.5.以后每周增加0.05，直至1.0，但是第一周首三日计时。
2.辞工期改为三个月，不自离，否则赔偿公司损失三千元人民币。
3.不旷工，不拒绝每周一至周五晚上加班3小时。否则，公司至少罚款一百元。
4申请书生效日上溯至四月一十一日， 
申请人：（后面给每一位员工签字）。
若不签申请书，工资就迟迟不发放，而且因为 定额考核计件薪酬制度 不完善，工资实在太低，工厂领导说，只要你们签了这个，工资马上就发下来，而且本月工厂规定产量减少50%，这样你们工资就高了。可是员工们不是傻子，这是不杀鸡取卵吗，纷纷看出来端倪，多数敢怒不敢言，没有办法 部门所有十多个员工 全都签名了（包括我），然后工资于次日发放了，其中5名员工拿了上月工资后就不要当月工资自离了 ，5月29日，我辞工到期，公司拒绝发放工资，并拿出发工资前签的协议书第2条“2.辞工期改为三个月，不自离，否则赔偿公司损失三千元人民币。”为由，在5月工资单上扣除了我5月所有工资还倒欠公司252.76元人民币，而且主管还口头叫我搬离工厂宿舍。目前我的《辞工申请书》和工厂拿出来的《申请书》，还有《工资单》全在我手上。目前我该怎么办？