周六上班加班工资在辞工时可否得到补偿

我是2006年进入现在的这个物流公司，2008年以前每个周六都要上班，2008年以后每月的周六上班可另补休两天（可以选择周六休息，也可选择其他时间休息）其余的周六都要上班而从未给予加班工资，只能当做贡献。今年1月份公司又擅自将工资组成部分中的“值班补贴”改为“额定加班工资”，请问这样是否违反薪酬管理制度，再说加班工资又能设为固定吗？我现在想辞工，另谋出路，不知基于上述情况可否向公司申请支付进公司以来周六上班的加班工资呢？（我现与公司签订的是无固定期限合同）。我现在手上没有什么确凿的证据，打卡记录只有公司有，我只有最近两年的打卡记录部分复印件，而且有的还没有经理的签字。这些证据行吗？我们公司其他员工上班时间与我一致，我可否邀他们签名证明周六有上班而公司未给加班费。申请补偿加班费是按基本工资标准，还是税前工资为基准算呢？恳请你们的答复，谢谢！