（二）利益分配机制
利益分配机制是与利益产生机制密切联系的。农业补贴利益分配机制的中心是依法合理地对补贴的利益在农民与农民之间、农业组织与农业组织之间以及农民与其他市场主体之间进行合理分配。有限的农业补贴在各主体之间分配的合理与否，直接关系着补贴的实际效果及其作用的发挥。从农业补贴的目的性价值看来，补贴的目的主要是为了保护农民利益，保障粮食安全和维护社会的稳定。从这个目的出发，补贴的利益应该多用在直接促进农民增收和农业发展上。而我国目前农业补贴的结构不科学，导致了补贴利益分配不合理。分析整个农业补贴额的构成，可以看到，我国大量财政补贴用于弥合购销差价、降低农用生产资料的价格以及贴息贷款等流通领域方面，对于农民的脱钩直接补贴、农业教育、农业技术推广、农业基础设施建设以及调整农业生产结构和组织结构等方面补贴很少，而这些方面却正是改造传统农业，增强农业发展后劲的关键所在。发达国家长期实践也表明，流通领域支持措施（如价格支持等）的补贴效率一直较低，在保障农民收入方面，国家拿出了很多钱，但其中只有一小部分真正能够流到农民手中，大部分都在中间环节被其它市场主体所侵蚀。据经合组织测算，发达国家的价格政策的补贴效率仅仅为25％，即国家补贴1元钱，农民得到的只有0.25元。[9]但这并不意味着流通领域的补贴措施不重要，国家对农产品和农业生产资料的价格支持等措施对农业的稳定发展仍然是必需的，但投入的比例可以适当减少。补贴利益的分配应向直接补贴措施和调整农业生产结构和组织结构等方面适度倾斜，把有限的资源用在恰当的地方，以提高补贴的效率。
（三）利益代表机制
在利益关系日益明显化的当代社会，重大利益关系已经构成社会进一步发展的条件，与此同时，也构成了社会矛盾、社会冲突、社会危机的基础。原有的利益关系均衡被打破，利益群体的形态由隐变显，利益冲突由暗变明，利益差距和矛盾更加明朗，利益群体的利益观逐渐变强，利益冲突亦日益突出。[10]在处理和协调个体之间、群体之间以及个体与群体相互之间的利益冲突时，有制度保障的利益代表机制显得尤为重要。建立并完善农民在农业补贴中的利益代表机制，就是要通过制度安排提高农民的组织化程度，建立能代表农民利益，反映农民意愿的合作组织或利益集团。在西方，利益集团又称利益团体、压力团体、院外活动集团等。Jeffery Berry 认为，利益集团是由抱有某些共同目标并且努力去影响公共政策的个人组成的团体。[11]David Truman也指出，利益集团是一种在其成员所持的共同态度的基础上，对社会上其他集团提出某种要求的集团，如果它向政府的任何机构提出其要求，它就变成了一个政治性的利益集团。[12] 当今社会，利益集团的存在已经是一个不争的事实，在利益博弈和政策博弈上扮演着极为重要的角色。