在农业补贴的过程中，农民的权益之所以在某些方面得不到保护，农民利益之所以存在丧失和被侵蚀的现象，其中主要原因之一是农民利益代表主体缺失。没有能代表自己利益的农业利益集团，单个分散的农民在其他市场主体面前无力维护自己的权益，在利益冲突中往往陷于不利的境地。一些国有粮食部门、企业与广大分散的小农户在争取财政补贴的博弈中处于上风的原因，就是这些部门、企业相对于广大分散的小农户而言，是一个组织性较强、利益比较一致的集团。相反，农民则是一个人数众多、组织性弱、利益不太一致、比较松散的群体，缺乏自己的利益集团来改变对己不利的补贴政策，在政策博弈上处于劣势的地位。此外，利益代表主体的缺失还影响着农业补贴的成本和效率。中国农民人口众多，利益代表主体的缺失使国家与农民之间缺乏一个有效的中介桥梁，信息传导不充分，许多针对农民的直接补贴政策，其运行成本都比较高昂，从而降低了补贴资金的运行效率。可见，通过立法赋予农业行业组织、农民合作组织等农民利益代表主体（利益集团）一定的法律地位，充分发挥它们在农业补贴中的积极作用，对补贴过程中农民权益的维护和补贴效率的提高具有重大的意义。
（四）利益保障机制
法是调整利益关系的，法更是保障和实现利益的重要手段。法以规范的形式将各利益主体的各种社会利益联系起来，通过调整人们的权利与义务而实现对利益的规制，从而保护各利益主体自身合法利益的实现，这就需要建立和完善利益保障机制。[13]农业补贴中利益保障机制的中心是通过制度安排依法保障农民利益的实现，主要包括保障农民的利益不受自然风险、市场风险的威胁和其他市场主体的侵害。当前我国对农业补贴的立法相对滞后，目前为止尚没有一部真正意义上的《农业补贴法》，对补贴过程中农民合法利益的界定比较模糊，以至于当农民的某些利益受到其他市场主体的侵害时往往得不到法律很好的保障。当务之急应加快对农业补贴的专门立法，完善好各项配套法律制度，以保障补贴过程中的农民权益不受侵犯。对于防范农业生产中的自然风险与市场风险，农业保险是一项很好的制度安排。农业保险是现代农业的三大支柱之一。农业作为一个弱质性、低效益、高风险的产业，尤其在加入WTO以后以及我国农业外部环境不断恶化的条件下，农业生产面临着更多的自然和非自然性的风险，农民所赖以生存的经济基础正面临着前所未有的挑战。农业保险在对农业的可持续发展和有效规避农业风险中发挥着十分重要的作用。[14]农业保险具有公共产品的属性，自身效益低、社会效益高，因此需要国家的财政予以支持。农业保险补贴制度是国家对农业保险扶持的制度载体，是农业补贴的重要内容，对保障农业的安全生产和农民的利益有着极为重大的意义。而在我国当前的农业补贴制度中，农业保险的补贴制度仍然缺失，从而使农业保险的发展受到了很大的限制，农业的风险无法得到有效的规避。为此，尽快建立起农业保险的补贴制度，促进我国农业保险的快速健康发展，是我国农业补贴制度改革的一项重要内容。三、制度重构——我国农业补贴的改革进路