为了适应国际社会的新环境，提高本国农业生产的国际竞争力，增加农民的收入，现阶段，我国应结合社会主义新农村建设的契机，探索适应新时代的农业政策，改革和完善现行农业补贴制度，充分发挥其支持和保护农业生产、保护农民权益的功能。具体说来，可以从以下几个方面进行制度重构。
（一）利益拓源：加大补贴力度，拓宽资源渠道
我国的农业补贴对于扶持农业发展、提高农民收入起到了很大的作用，但相对于弱势的农业产业来说仍远远不足，因此需要国家加大财政转移支付的力度，增加农业补贴资金的绝对量，实现“工业反哺农业，城市支持农村”，促进农村的全面发展。这里要克服“少数人补贴多数人”的错误观点。持该观点的人认为，我国城市化率较低，城市人口少于农村人口，由少数城市人来补贴多数农村人十分吃力，因此，财政转移的力度要严格限制在一定的比例范围内，以保证城市的发展和居民的权益。然而，一个国家能否对农业实现补贴以及补贴的力度大小，主要取决于非农业部门劳动力的国民财富贡献和财政收入贡献能力是否明显超过了农业，需要补贴的农业劳动力数量或土地等生产资料有多少，并不是简单地按照城乡人口比例来衡量。目前我国农业部门与非农部门的发展极不平衡，农业的发展明显滞后，非农部门的国民生产总值已经赶超农业。据有关调查显示，近年来我国农业占GDP份额已下降到15%以下，税收几百亿元，不足财政收入的10%。[15]农业部门与非农部门的发展裂痕为“工业反哺农业，城市支持农村”提供了可能性与必要性，农业的发展需要国家大力扶持，而不是限制财政补贴的力度。此外，针对我国农业补贴资金来源单一的状况，目前应采取措施拓宽资金来源的渠道。可以通过立法逐渐引导一些社会团体、组织和企业等参与到农业补贴的中来，给予它们相关政策上的优惠，充分发挥它们在补贴中的积极作用。还可以将财政补贴和银行信贷支持结合起来，积极发挥中国农业发展银行、农村信用合作组织等政策性金融机构的作用，为广大农户提供信贷支持。
（二）结构调整：改进补贴方式，提高补贴效率
我国目前针对农业的补贴多在流通领域进行，有限的资金没有得到高效的配置，补贴利益往往被中间环节的其他市场主体所侵蚀，补贴效率低下。必须要对补贴方式进行改进，变“暗补”为“明补”。应将流通领域的部分补贴转移到直接生产领域，或直接补贴农产品保护价及与之相关联的仓储建设、保管费用等，将以“暗补”为主的补贴方式逐渐转化为以“明补”为主的补贴格局，让农业生产者直接受益获利，使政府对农业的支持更直接更具体，更能发挥财政对农业补贴的政策功效，提高补贴的政策效率。此外，要明确农业补贴不应是一种“应急措施”，对农业的支持和投入作远景规划是确保农业生产稳定、持续发展的前提，财政对农业补贴政策的根本目的是为了有效的促进农业发展和保障农民收益。应在明确农业补贴的目标的基础上调整农业补贴的结构，增强农业的可持续发展能力。具体说来应该按照WTO规则，减少或逐步取消“黄色补贴”，选择以“绿色补贴”为主的补贴措施。应重视对农业基础设施的建设补贴，加强以水利建设，农村道路建设等为核心的农业基础设施建设工作。重视农业科技补贴，加强农业科学技术研究和推广，加强对农民的基础教育和技术培训工作。通过科技活动，提高我国农产品科技含量，推动农业增长方式的转变，增强我国农业的整体竞争实力。另外，在补贴资金有限的条件下，还可以缩小补贴的范围，减少中间环节，有侧重点地对农业进行补贴和扶持，集中发挥财政补贴的政策效益。