实验工厂二审中提供的新证据为：
1、2002年12月12日，南京农业大学出具的《关于硅酸盐菌剂（生物钾肥）和生物有机无机大三元肥料知识产权的说明》，以证明实验工厂为涉案技术的独占使用权人，实验工厂主体适格。

2、实验工厂硅酸盐菌剂（生物钾肥）生产工艺中独特专有技术例举，以证明其要求保护的生产工艺的技术要点。
3、一组曹幼琴发表论文目录的网上查询资料，以证明曹没有研究过涉案技术。
4、一组邦禾公司的广告宣传材料。以证明邦禾公司使用实验工厂名称推销，并使用了涉案的技术，侵权数量较大。
双方当事人对上述证据材料（包括双方的技术工艺内容）的质证意见为：
实验工厂对铜山公司的证据1、2、4形式上的真实性予以确认，但认为证据1不能形成目前生产技术，涉案技术并未因此公开；证据2不能证明两位教授研究开发过涉案技术。对证据3中的谈话笔录的真实性不予确认，因为一审称其技术由邵爱凤、赵自强负责，二审称由曹幼琴、傅庭治教授负责，前后矛盾且曹幼琴未出庭作证。关于证据3中铜山公司的技术工艺，实验工厂认为该工艺与实验工厂的工艺不同，该工艺是从公开教科书上抄来，且多处内容违反科学，如其使用的发酵温度是杀死淀粉酶的温度等，依该工艺不能生产出硅酸盐菌剂。铜山公司未将真正的技术提交法庭。对于证据4，实验工厂承认杨兴明是其职工，但他去丰县调查过，且对方生产是多点生产，不只是丰县厂一家。

铜山公司、邦禾公司对实验工厂提供的证据1的真实性无法判断，认为如果南京农业大学将涉案技术独占许可实验工厂使用，则南京农业大学不应与南京润中公司签署协议而允许铜山公司和邦禾公司使用涉案技术。对其证据2，上诉人认为其技术内容不具体。对其证据3，上诉人认为实验工厂从网上下载的只是曹幼琴教授发表的部分论文，并非全部，不能否定曹幼琴教授研发涉案技术的能力。对其证据4的真实性予以认可，但认为其推广介绍是经黄为一同意的，因为其夫人在公司占有30%的股份。

经过庭审质证，本院对双方当事人提供的证据材料确认如下：
关于铜山公司提供的证据：1、殷永娴副教授的论文仅对特定菌株的性状与功能进行了研究，并未涉及涉案硅酸盐菌剂的生产工艺，该论文的发表不能证明涉案技术工艺已经公开。故对该证据的关联性本院不予认可。2、曹幼琴、傅庭治二位教授的聘书能够证明铜山公司对其聘用的事实，但涉案技术是否来源于两位教授系本案争议的焦点所在，在无其他证据证明的情况下，聘书不能证明涉案技术来源于曹、傅二位教授这一事实。对主体技术能力的评价需要客观事实加以证明，而两位教授的简历、主要研究领域介绍只是一般的文字性说明，据此不能证明其即具有研究开发涉案技术的能力。3、谈话笔录中曹幼琴的陈述属书面证人证言，在其未出庭作证及无其他相关证据佐证的情况下，不能证明其证明目的。铜山公司提供的技术工艺内容的真伪在本案中应由鉴定结论证明。4、由于实验工厂出具的《2000年度大三元复合肥应用推广情况调查表》中的经办人杨兴明系实验工厂的内部职工，其填制的调查表中的内容又无其他相关证据证实，故该调查表不能作为定案证据使用。

关于实验工厂二审提供的证据：1、《关于硅酸盐菌剂（生物钾肥）和生物有机无机大三元肥料知识产权的说明》由权利人南京农业大学签章，上诉人未能提供其他证据否定其真实性及关联性。故对其真实性及关联性予以确认。2、实验工厂硅酸盐菌剂（生物钾肥）生产工艺是否为公众所知悉以及是否符合商业秘密保护要件在本案中应根据鉴定结论及其他证据综合认定。3、网上查询的曹幼琴发表的论文目录不能穷尽其发表或撰写的论文和专著，不能依此确认曹幼琴是否研究开发了涉案技术。故对该证据材料的关联性不予认定。4、邦禾公司对其宣传材料的真实性予以认可，对此本院也予以确认。

本院根据以上确认的证据，认定以下事实：
一审认定的事实中，除铜山公司、邦禾公司对《2000年度大三元复合肥应用推广情况调查表》的真伪性及邦禾公司在丰县销售涉案产品数量、产品单价有异议外，对其他事实双方无异议。对于双方无异议的事实，本院予以确认。

二审诉讼中，双方确认2000年7月12日南京农业大学与南京润中公司签订的项目合作协议未履行，南京农业大学未向南京润中公司及其项目实施单位邦禾公司交付相关技术。

2002年12月12日，南京农业大学出具说明称，南京农业大学授权实验工厂对其占有的硅酸盐菌剂及生物有机无机"大三元"肥料等产品的技术秘密享有合法的独占使用权，同时在其发生侵权纠纷时实验工厂享有独立的诉讼权利。

邦禾公司曾使用实验工厂名称对外进行了一定的宣传。
审理过程中，根据铜山公司的申请经合议庭评议，本院将经过双方质证的实验工厂提供的技术要点、铜山公司向一、二审法院提供的工艺流程以及中国科学院微生物研究所2001年8月14日出具的（2001）微检字第173号检测鉴定报告提供给江苏省科技厅，委托其就实验工厂提供的技术要点是否为公众所知悉、依据铜山公司提供的菌种分离技术能否从公开的硅酸盐菌剂中分离出胶质芽孢杆菌、依据铜山公司提供的技术方案能否生产出硅酸盐菌剂等技术内容进行鉴定。2003年10月31日，鉴定机构出具下述鉴定意见：1、实验工厂向法院提供的资料表明他们在设备安装和使用，灭菌工艺，菌株的分离、筛选、复壮和培养基配方，发酵温度调控等方面有其独特的专有技术，不为相关公众所知悉。2、依据铜山公司向法院提供的菌种分离资料，可以从公开的硅酸盐细菌制剂（商品）产品中分离出胶质芽孢杆菌。国内相关机构也有类似尝试。但依据法院目前提供资料不能判定铜山公司已完成相关工作。在1个多月时间内完成从土壤中分离、鉴定相关功能菌株及功能试验是不可能的。3、依据法院提供的铜山公司的2000年3月硅酸盐细菌生产工艺流程第7页所述"将淀粉培养（基）[培养（基）丙]在发酵罐中配制好，加入适量消泡剂、淀粉酶、调整Ph7.5，密封后通入蒸气。在118-120摄氏度、压力0.9-1.0公斤状态下保持30分钟灭菌"，依此，淀粉酶已失活，无法将淀粉水解，因而不能生产出合格的硅酸盐菌剂。鉴定意见中还对铜山公司向一审法院提供的生产工艺流程与实验工厂提供的技术要点进行了异同比较。

2003年11月24日，鉴定机构委派两位鉴定专家出庭接受当事人的质询，两位专家对实验工厂的技术要点与公知技术相比的独特之处作了具体说明。经当庭质证，实验工厂对鉴定意见无异议。铜山公司、邦禾公司认为：1、鉴定方式不当。应按科技成果鉴定的程序，由当事人提出相应报告，鉴定专家发问，当事人答辩，最后专家讨论形成鉴定意见。本次鉴定未采取该程序。2、鉴定意见中关于实验工厂的技术不为相关公众所知悉的结论与事实不符。理由是：（1）程光胜教授认为实验工厂向一审法院提供的技术内容不清楚。（2）上诉人租用他人设备同样生产出了合格菌剂，且产品质量优于实验工厂，证明设备安装与使用工艺为常规技术。（3）鉴定时，上诉人向专家组提供了一套参考文献目录，文献对钾细菌作了详细说明，因鉴定会上时间仓促，且鉴定会组织者未准许上诉人向鉴定专家发放文献目录。（4）鉴定意见第4条认定双方工艺在发酵温度和培养基等方面不同，而第1条则认定实验工厂在设备安装和使用，灭菌工艺、菌株分离、筛选和培养基配方、发酵温度调控等方面有其独特的专有技术，不为相关公众所知悉，前后矛盾。3、关于菌种问题：（1）召开鉴定会的当日，上诉人将与鉴定有关的技术资料提交鉴定会，但未被采用。上诉人现已将《钾细菌的分离、纯化、发酵、鉴定的工作手册与实验数据》递交法院，因此不能认为铜山公司未完成菌种分离的相关工作。（2）上诉人从未表述从土壤中分离、鉴定菌株。4、上诉人使用的是高温淀粉酶。在灭菌过程中温度升到90摄氏度时，维持30分钟，经检测充分水解后，再加温至118－120摄氏度灭菌。这样不会导致淀粉酶失活。这是常识。鉴定会上，上诉人未及时作好解释，专家组也未发问，从而导致鉴定专家组错误认为依上诉人的工艺不能生产出合格硅酸盐菌剂。5、尽管上诉人在发酵后期使用了对方工艺中的某种物质，但后来我们考虑一些因素，少加或不加该物质了。鉴于上述意见，铜山公司认为，法院不应采信鉴定结论，或者补充鉴定，或者进行现场实验。

本院认为：
1、实验工厂作为原告主体适格。根据南京农业大学的授权声明，实验工厂对其主张的技术秘密享有独占使用权和独立的诉权。在技术秘密受到侵害时，其独占许可的被许可人有权作为原告向法院起诉。因此，实验工厂的原告主体适格。铜山公司、邦禾公司认为涉案技术所有人为南京农业大学，实验工厂作为一审原告主体资格不当的上诉理由不能成立。

2、江苏省科技厅的鉴定意见可以采信，鉴定报告可以作为定案证据使用。其理由为：
（1）鉴定程序并无不当。本案鉴定依铜山公司的申请而进行。双方当事人向法庭提交了鉴定资料，该鉴定资料经双方当事人充分质证后提交鉴定机构。鉴定会上，当事人充分陈述了自己的技术要点，必要时，鉴定专家进行了发问。鉴定结论亦经庭审质证。因此，鉴定方式和整个程序并无不当。铜山公司、邦禾公司关于鉴定程序不当的理由不予采信。

（2）鉴定意见第4条与第1条并不矛盾。权利人的技术信息不为公众所知悉与双方工艺有不同之处两者性质不同，并不相互排斥，尤其是在被控侵权人未提供其真实技术，其提供的工艺不具有可行性时更是如此。

（3）关于菌种的来源及其工艺，铜山公司、邦禾公司一、二审的观点前后不一。在一审庭审中及铜山公司向一审法院提交的工艺流程中，上诉人主张其菌种从土壤中分离所得。而二审诉讼中，上诉人又主张其菌种从实验工厂销售的产品中分离所得，并提供了相关工艺。上诉人前后观点不一，其主张不确定。

（4）关于上诉人工艺中的淀粉酶失活问题。一方面，作为决定工艺可行性的任何一个步骤均应在技术资料中明确记载，记载的工艺应严谨、科学，记载的工艺不同或有误将直接导致判断、鉴定的结论不同。铜山公司提交鉴定的工艺明确说明是在118－120摄氏度下保持30分钟灭菌，而其在2003年11月24日对鉴定意见质证时则称其工艺为缓慢升温至90摄氏度保持30分钟后再升温。这是两个不同的工艺流程。另一方面，如果书面记载的工艺未表述清楚或有记载上的疏漏，当事人应在鉴定之前或鉴定之时作必要的补充说明。而在2003年3月31日双方对提交鉴定的技术资料进行庭审质证时，实验工厂即就此处错误向上诉人提出异议，但上诉人未作任何解释。2003年10月31日技术鉴定会上，在鉴定机构给予陈述的时间内，上诉人也未对此作任何补充说明。因此，鉴定专家依据上诉人提供的技术工艺资料进行鉴定，并由此作出上诉人的工艺不能生产出合格产品的鉴定结论并无不当。上诉人既不在供鉴定的技术工艺中作出明确记载，也不作补充陈述或说明，由此导致对其不利的鉴定结论应完全归责于上诉人自身。上诉人以常识及专家组未就此发问为由而认为鉴定意见错误的理由没有法律和事实依据，本院不予采信。

（5）关于鉴定的依据。鉴定申请由铜山公司申请，鉴定的主要资料也由其密封后向法庭提供。在几次庭审中法庭均明确要求上诉人提供其研发资料，但自本案诉讼开始至2003年3月31日通过庭审质证固定鉴定资料时两年之余的时间内上诉人一直未提供。尽管在召开鉴定会时上诉人将所称的相关技术资料带至现场，但由于鉴定的技术资料已经庭审质证后固定，故为避免对鉴定专家发表鉴定意见构成误导或其他影响，鉴定会组织者未准许上诉人提交其所称的其他技术资料，而且对方当事人对上诉人带至现场的技术资料不同意质证，也不同意作为鉴定资料。在鉴定报告印发后，上诉人才正式向法庭寄交了其所称的《钾细菌的分离、纯化、发酵、鉴定的工作手册与实验数据》。因对方当事人拒绝质证，因而无法对其真伪作出认定。上诉人本应在法庭确定的时间内提供完整的技术资料供鉴定且客观上也有能力提供，但一直未提供研发资料以供鉴定，由此导致鉴定机构依据现有资料作出对其不利的鉴定意见，系上诉人自身原因所致。

因此，上诉人一、二审中关于菌种的来源、工艺流程等主张均有所变化，二审法院按法定程序在固定双方的技术工艺后进行鉴定，对上诉人的权利已给予程序上的救济。如果允许其在鉴定意见公开后再次提交补充的技术资料进行重新或补充鉴定，将导致双方当事人诉讼利益上的不平衡。二审诉讼中的鉴定程序合法，鉴定结论依据充分，无需再次补充鉴定。故上诉人关于鉴定意见不能采信的理由不成立，其要求重新或补充鉴定的请求不予准许。鉴定意见应作为定案证据使用。

3、实验工厂提供的技术要点属于商业秘密。（1）通过技术鉴定，鉴定意见认为实验工厂在培养基配方，菌株的分离、筛选、复壮，发酵温度调控、灭菌工艺、设备安装和使用、发酵后期加入特殊物质等方面有其独特的专有技术，不为公众所知悉。庭审中，鉴定专家还就实验工厂技术与普通技术相比的独特之处作了具体说明。因此，其技术不为公众所知悉。（2）实验工厂采取了严格的保密措施。制定了《保密规定》；对进入接种室的人员作了严格限定，仅少数人员才能进入；对涉案的工艺流程进行严格保密等。虽然铜山公司上诉认为实验工厂未采取合理的保密措施，但是未提供相关的证据足以推翻一审法院的认定以及对方在一审中所提供的相关证据。（3）实验工厂的技术工艺具有价值性。由于实验工厂的技术独特，不为公众所知悉，且实验工厂为此采取了严格的保密措施，使得竞争对手无法轻易通过正常的、合法的途径获得，而且实验工厂通过实施或转让该技术能为其带来可观的经济利益，因此，实验工厂因拥有该技术而具有竞争上的优势，该技术信息具有较高的价值性。综上所述，实验工厂的技术信息符合商业秘密的构成要件，属于商业秘密，应受法律保护。

4、铜山公司、邦禾公司、赵自强、邵爱凤侵害了实验工厂的商业秘密。实验工厂已经向法院提供证据证明其技术要点、采取的保密措施等商业秘密构成的证据，以及铜山公司、邦禾公司生产的产品与自己的产品相同，实验工厂重要的技术骨干离开工厂到铜山公司、邦禾公司从事技术工作等侵权的初步证据。铜山公司、邦禾公司也承认其产品的菌种与实验工厂产品中的菌种相同。此时，铜山公司、邦禾公司应举证对方的技术工艺不符合商业秘密构成要件或者自己的技术有合法来源。但经过鉴定，上诉人所提供的上述两方面的证据均不能证明其目的。铜山公司、邦禾公司未能提供有效证据以证明其真正工艺的内容及其合法来源。由于实验工厂的技术信息构成商业秘密；铜山公司、邦禾公司生产与实验工厂相同的产品；铜山公司、邦禾公司使用了实验工厂掌握涉案技术的技术骨干；而且，一审庭审中，铜山公司、邦禾公司也承认菌种的培养、复壮由邵爱凤完成。二审中，又承认在发酵后期使用了实验工厂工艺中的某种特殊物质。因此，应推定上诉人的工艺流程来源于实验工厂，铜山公司、邦禾公司、赵自强、邵爱凤侵害了实验工厂的商业秘密。铜山公司、邦禾公司、赵自强、邵爱凤应承担停止使用实验工厂的生产工艺生产硅酸盐菌剂并赔偿损失的法律责任。但是，由于实验工厂一、二审中并未主张将菌种作为其商业秘密要求保护，且鉴定意见认为"依据铜山公司向法院提供的菌种分离资料，可以从公开的硅酸盐细菌制剂（商品）产品中分离出胶质芽孢杆菌。国内相关机构也有类似尝试。"故原审判令铜山公司、邦禾公司、邵爱凤、赵自强停止利用实验工厂的胶质芽孢杆菌菌种、销毁已封存的相关菌种不当，应予纠正。

由于庭审中双方均确认2000年7月12日南京农业大学与南京润中公司签订的项目合作协议未履行，南京农业大学未向南京润中公司及项目实施单位邦禾公司交付相关技术。因此，邦禾公司上诉称其有权使用该项技术，不构成侵权的上诉理由不成立。

5、关于侵权赔偿的数额。一审法院判决赔偿损失的主要依据为：《2000年度大三元复合肥应用推广情况调查表》所载在丰县的销售量，"大三元复合肥"技术的转让费。由于调查表不能作为定案证据使用，且200万元的技术转让费为"大三元复合肥"技术的转让费用，非本案硅酸盐菌剂生产技术的转让费，硅酸盐菌剂生产技术为"大三元复合肥"技术中的"一元"，即生物单元。故原审法院以"大三元复合肥"技术转让费为标准确定赔偿额显然不妥，应予纠正，原判赔偿数额应予变更。由于因铜山公司、邦禾公司等的侵权行为造成了实验工厂技术转让费或经营利润、调查费用支出等损失，而实验工厂未能提供证据证明本案侵权产品的数量以及受损或铜山公司、邦禾公司获利的具体数额。因此，本院参考"大三元复合肥"技术的转让费、涉案产品的利润、实验工厂合理的调查费用、律师代理费等因素酌定铜山公司、邦禾公司赔偿实验工厂损失人民币50万元。

综上所述，铜山公司、邦禾公司关于原判赔偿额不当的上诉理由成立。其他上诉理由缺乏事实和法律依据，本院不予支持，其相关上诉请求应予驳回。原审法院认定铜山公司、邦禾公司、赵自强、邵爱凤侵权以及判令其停止侵权正确，但判决其停止利用实验工厂的胶质芽孢杆菌菌种、销毁已封存的相关菌种以及赔偿数额不当，应予撤销或变更。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第一款第（二）项、（三）项，《中华人民共和国反不正当竞争法》第十条第一款第（三）项、第二款、第三款、第二十条之规定，判决如下：

一、维持江苏省南京市中级人民法院（2000）宁知初字第106号民事判决第三项。
二、变更江苏省南京市中级人民法院（2000）宁知初字第106号民事判决第二项为：铜山公司、邦禾公司自本判决生效之日起十日内赔偿实验工厂损失人民币50万元。铜山公司、邦禾公司承担连带责任。

三、撤销江苏省南京市中级人民法院（2000）宁知初字第106号民事判决第一项及案件受理费部分。
四、铜山公司、邦禾公司、邵爱凤、赵自强自本判决生效之日起立即停止使用作为实验工厂商业秘密的生产工艺生产硅酸盐菌剂。

一审案件受理费21760元，铜山公司、邦禾公司负担11760元，实验工厂负担10000元。二审案件受理费43520元，铜山公司、邦禾公司负担23520元，实验工厂负担20000元（铜山公司、邦禾公司已预交的二审案件受理费本院不再退还，执行时一并结算）。一审案件检测费12400元、二审案件鉴定费20000元均由铜山公司、邦禾公司负担。

本判决为终审判决。
审　判　长　张婷婷
代理审判员　汤茂仁
代理审判员　袁　滔

二○○四年一月十五日

书　记　员　曹美娟