中国境内的外商投资企业，在清算过程中，将主要涉及两方面的税务问题。一是，清算委员会作为清算期间企业的最高权力机构，将对企业所欠缴的所有税款进行清理和追缴，包括企业在经营活动期间的所有税项的汇算清缴，包括极其广泛复杂。经过确定的所欠税款，将按照《外商投资企业清算办法》规定的清偿顺序予以清偿。二是，清算本身也可能产生新的税赋，例如财产清理过程中固定资产的转让处理应当依法缴纳流转税;员工的补偿费用需由企业代为扣缴个人所得税等。

　　一、经营期间欠缴税款的清理

　　(一)欠缴外商投资企业和外国企业所得税的清理

　　1.税收减免期

　　为了更好地吸引外商投资企业，《外商投资企业和外国企业所得税法》(简称《所得税法》)中的一些税收优惠，比发达国家和其他部分发达国家更加优惠，使得外商投资者普遍收益。《所得税法》第八条对经营期限在十年以上的外商投资企业还有“两免三减半的”的优惠，如果外商投资企业由于各种原因，实际的经营期限少于十年，其已享受的该项所得税减、免优惠金额应当补缴。

　　2.再投资退税

　　《所得税法》第十条规定：外商投资企业的外国投资者，将从企业取得的利润直接再投资于该企业，增加注册资本，或者作为资本投资开办其他外商投资企业，经营期不少于五年的，经投资者申请，税务机关批准，退还其再投资部分已缴纳所得税的40%税款，国务院另有优惠规定的，依照国务院的规定办理;再投资不满五年撤出的，应当缴回已退的税款。

　　另外，外国投资者在中国境内直接再投资举办。扩建产品出口企业或者先进技术企业，经营期限或投资期不少于5年的，可以全部退还其再投资部分已缴纳的企业所得税税款。

　　因此，外商投资企业的外国投资者以从中国境内的外商投资企业取得的税后利润，再投资于免税项目的，如果其经营期限或投资期限少于5年即提前终止投资项目，进入清算的，其已退的40%或全部税款应当缴回。

　　退税额=再投资额/(1-原实际适用的企业所的税税率和地方所得税税率只和)×原实际适用的企业所得税税率×退税率

　　3.地方的财政优惠政策，如果享受优惠政策的外商投资企业经营期限不满十年的，其已经退回的的税款也应当在清算中交回地方政府。