排污申报登记制度是指由排污者向环境保护行政主管部门申报其污染物的排放和防治情况，并接受监督管理的一系列法律规范构成的规则系统。申报的主要内容:排污者的基本情况，正常生产和实际作业条件下排放污染物的种类、数量、浓度、处置及排放去向、地点和方式，污染治理和三废综合利用等状况。排污申报登记是国家环境保护诸多法律、法规中规定的排污单位必须履行的一项法定义务，是环境管理的一项基础性工作，是排污费征收工作的一个重要环节，也是搞好环保工作的一个很好的切入点。实行排污申报制度，有利于环境保护行政主管部门及时准确地掌握有关污染物排放和污染防治情况的准确信息，为进行其它方面的环境管理提供依据。

　　但是，现行排污申报制度的法律运用还是1992年原国家环保局第十号令发布的《排放污染物申报登记管理规定》，有很多方面已不适应环保历史性转变，申报的模式和指导模式的法律、制度已到必须变革之时，具体来讲，传统的排污申报制度与现阶段有3个不适应。

　　申报的模式与当前形势不适应目前基层环保部门基础工作需做到“事先申报、事后确报”。国家环境保护总局函复江苏省环保厅《关于排污申报登记是“实报”还是“预报”问题的请示》时说，“根据法律规定，产生和排放污染物的单位，均应如实地申报在正常作业条件下的排污情况。所谓排污申报存在‘预报’与‘实报’之分的观点没有法律依据。”怎样才算“下一年度正常作业条件下”?这不仅是环保部门，就是企业也确实无法掌握。因为，企业排污情况会因生产、经营的原因动态变化。我国目前法律上规定的“在上一年度末申报下一年度正常作业条件下的排污情况”的体制已不能适应新形势下环保工作的需要，并在一定程度上阻碍了环保工作的发展。

　　核定方法与当前形势不适应目前，基层环保部门在核定排污量时有四难，即企业准确填报难、全面申报难、统一监测难、核定难。《排放污染物申报登记管理规定》第十一条规定“排污单位对所排放的污染物，按国家统一规定进行监测、统计。”但一次取样可做为执法依据，而申报是要了解单位全年排污情况。由于一个地区排污单位可达几千家、数据多达几万个，在年申报、月核定中，还含有大量的环境指标，特别是各单位的产品、工艺、治理情况各有不同，排放污染物的差别很大，难以得到具体征收或确定排放污染物数量的准确可靠信息，仅凭软件资料查对，无法进行全面了解。正是由于污染源种类的多样性、污染物计算的复杂性，以及排污者为逃避责任往往设法隐瞒有关排污事项，致使目前使用的自动监控仪器测定法、实测法、物料衡算法、排污系数法还存在较多缺陷。