《补充规定》为司法部门依法惩治挪用公款提供了明确的立法依据。它是我国刑法界有关挪用公款犯罪争鸣的产物，同时也进一步推动了该罪在理论研究方面的深入。但是，在《补充规定》公布与施行后不久，各地法院和检察院纷纷要求“两高”对司法实践中存在的一系列问题进行司法解释。这些问题主要集中在《补充规定》与“两高”早先下发的司法解释的冲突及适用问题。例如，挪用公款罪的数额标准，是否适用“两高”司法解释的规定？“两高”司法解释中强调的挪用公款在案发前已归还的，不认为是犯罪或应从轻、减轻或免除处罚是否还适用？针对司法实践中存在的种种问题，“两高”于1988年下半年开始起草具体执行《补充规定》的问题解答，历时1年多时间的反复征求意见和认真研究讨论，1989年11月6日，“两高”联合发布了《关于执行〈关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定〉若干问题的解答》。该解答根据《补充规定》中有关挪用公款罪的立法规定，就司法实践中反映的较为集中的六大问题进行了解释与说明，使得挪用公款罪在今后的司法实践中得到更好的运用。

　　事实也证明了，自挪用公款罪从贪污罪中分立出来后，全国挪用公款案件由无到有，由少到多。根据最高人民法院发布的统计数据表明：1990年全国各级法院受理挪用公款案件1876件；1991年全国各级法院受理挪用公款案件2275件，比上年上升21.27％；1992年全国各级法院受理挪用公款案件 3513件，比上年又上升54.43％[6].从而反映了挪用公款罪独立的必要性和重要性。

　　尽管挪用公款罪是通过全国人大常委会审议通过的罪名，但是仍是散见于立法性司法解释或者司法性解释中，并没有为全国人民代表大会经过相应的立法程序通过的法典所吸收。与此同时，理论界和司法界强烈的呼唤出台一部《反贪污贿赂法》，全国人大常委会对此非常重视，并列入全国人民代表大会立法计划，同时委托最高人民检察院起草《反贪污贿赂法》。最高人民检察院接到委托后，成立了《反贪污贿赂法》研究起草小组，组长由当时最高人民检察院副检察长肖杨同志担任，小组成员从全国各省市检察院中抽取。就在起草小组筹备过程中，北京发生了声势浩大的学潮运动，迫使起草工作停下来。到了1991年，《反贪污贿赂法》起草工作正式启动，经过两年多的调查、论证，拟出《反贪污贿赂法（草案）》。在后来的意见征求稿中，学者和实践部门的同志对草案中关于反贪污贿赂法内容、法律形式等问题发表不同的意见，致使草稿前后十年易稿十余次，仍未形成较为统一的意见。而就在争议的十年中，司法实践中遇到一些贪污、贿赂和挪用公款案件在适用方面的问题，最高人民法院针对这些具体问题作了相应的解释。例如，1993年12月15日最高人民法院发布了《关于贪污、挪用公款所生利息应否计入贪污、挪用公款犯罪数额问题的批复》，就挪用公款所生利息，应否计入挪用公款的犯罪数额的问题作出批复。1996年6月26日最高人民法院又发布了《〈关于对贪污、受贿、挪用公款犯罪分子依法正确适用缓刑的若干规定〉的通知》，主要是针对挪用公款案件正确适用缓刑的相关解释。而实际上，到1993年第八届人大一次会议以后，全国人大常委会提出来重新对刑法和刑事诉讼法的修改，当年8月份全国人大法工委就开始组班子，委托人民大学起草刑法修改草案。这样，比较成熟、但未出台的《反贪污贿赂法》再次搁浅。

　　1997年3月14日，第八届全国人民代表大会第五次会议通过了《中华人民共和国刑法》。新刑法在吸收《补充规定》和《反贪污贿赂法（草案）》基础上于第 384条明确规定了挪用公款罪。其中，该条第一款规定：“国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。”第二款规定：“挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物归个人使用的，从重处罚。”刑法对挪用公款罪作了一些修改，具体内容有：一是挪用公款罪主体由“国家工作人员、集体经济组织工作人员或者其经手、管理公共财物的人员”修改为“国家工作人员”，缩小了主体范围；二是对“挪用公款数额较大不退还的，以贪污论处”作了修改，明确规定了对挪用公款数额巨大不退还的，以挪用公款罪处罚，并规定了单独的法定刑，标志着挪用公款罪完全从贪污罪中脱离出来；三是删除了“挪用公款进行非法活动构成其罪的，依照数罪并罚的规定处罚”的规定；四是将挪用扶贫、移民物规定为挪用公款罪的从重处罚情节。另外，《刑法》第272条第2款还规定了挪用资金罪因犯罪主体的特殊性而转化为挪用公款罪的情形，对挪用公款罪进行必要的补充和完善。这样，挪用公款罪经过前后几十年的历练，终于形成相对比较完整的理论体系。