2. 水资源开发利用现状及存在的问题客观上要求加强对水资源保护的统一管理
从理论上论述水资源保护的必要性仅仅是问题的一个重要方面，但绝不止于此；事实上，水资源开发利用中已经存在着许多方面的问题。
（1）.水质性缺水问题严重

（2）工程性缺水问题严重。
（3）对水资源开发利用缺乏环境保护意识，出现了国外污染转移、资源破坏、自然景观破坏等种种不良现象。
（4）水土流失问题严重。
3.水资源的公共资源和流域资源属性要求对其进行统一管理。
水资源保护的市场无功能性、对可持续发展的基础资源性以及其开发利用形势的严峻性均在客观上要求设置公共权力，对经济个体盲目地开发利用长江流域水资源的行为加以干预，通过采取"集体行动"，解决资源保护的"付费"问题2，切实保证长江流域水资源的永续利用。过去，我国对长江流域水资源的保护也采取了行动，建立了管理机构，但效果却不明显，各种问题不仅没有得到很好的解决，反而出现了恶化的趋势。究其原因，是我们目前设置的公共权力不符合长江流域水资源保护的特性或要求所造成的后果。
长江流域水资源保护管理体制是依照一定的决策原理和环境观念形成的。对此，必须要有正确而清醒的认识。
水资源首先是一种公共资源，它具有公共资源的一般属性，如供应的联合性、有限性、和使用的分散性、高度相互依存性与不可分性。作为共同财富和公共产品，对水资源的使用，必须集体行动。个体对公共资源的自由选择与利用和社会的公共资源的分散管理，将产生破坏性竞争。根据决策理论，在公共管理中，管理主体越多越分散，管理责任就会愈是趋于松弛，对资源的保护就愈为无力，资源的状况则愈坏。反之，权力越统一，责任就越大；权力越是集中并趋向单一中心，责任就越明确，越统一，责任就越大；权力越是集中并趋向单一中心，责任就越明确，权力主体之间的破坏性竞争和摩擦就越小。因此，在构建整个水资源保护体制时，必须实行统一指挥，加强调控，推行主要管理功能部门化，确立单一权力结构和单一行政领导系统。同时，水资源作为公共资源可以联合使用和各种可能使用方式的互相依存的重要性质及其因此而产生的复杂难题，在水资源管理中需要有广泛的协调和处理机构间冲突的机制，需要有必要的权力交叉与分割。伸言之，在同一背景和理由下，水资源保护管理既需要集权，也需要分权与平衡。因此，在水资源管理体制中，一般都存在着权力分散的特点，形成了权限重叠、权力分散的多元化体制。事实上，在水资源保护管理体制的构建中，一直存在着集权与分权的难题。一方面，统一领导须在部门协调的原则下实现，集权不是大一统的权力垄断；另一方面，功能上的权力分散又将形成权力行使和管理责任的混淆，导致管理的无责任性与混乱性。如何合理解决这一矛盾，的确需要进行探索。这一问题也是世界性难题，许多国家经过多年实践，大都选择了趋向集中和倾向单一决策、指导、控制、与执行中心的方向；水资源保护管理的权力越来越向一个政府部门聚集，越来越向中央政府聚集。中国水资源保护管理实际上也正在走上这条道路，只是由于在集权与分权的问题上还未形成有效的协调与处理机制，才造成了一些问题。