第一.《水资源保护办法》的基本结构。
《水资源保护办法》可由六大部分构成：
（1） 总则。规定水资源保护的立法依据、基本概念、基本对策或原则、适用范围等。
（2）监督管理。规定水资源保护的管理体制、管理机构及其权限、机构间勾通协调原则和程序以及适用于整个流域的水资源保护管理制度。
（3）流域水资源开发利用的保护。具体规定水资源开发利用的各种行为及其开发利用者在水资源保护方面的权利义务，规定各项保护制度。
（4）流域水污染防治。具体规定各种向流域排放水污染物的行为，规定排放水污染物的管理程序和具体制度。
（5）法律责任。具体规定各种违反《水资源保护办法》的行为及其应当承担的法律责任
（6）附则。规定《长江流域水资源保护办法》的生效、解释、对相关法律法规的适用等。

第二.水资源保护管理体系的设置原则

在水资源既是公共资源、其具有公共资源的一般属性，又是流域资源、也具有流域的特殊属性的认识基础上，构建水资源保护管理体制必须遵循如下原则:
（1）、效率原则。效率原则在许多国家都是评价政府活动及体制的合理性的重要标准之一，管理的有效性和管理机构的效率始终应作为设置体制的基本目标。而管理系统的专门化和管理体制的单一权力机构，有助于减少决策和办事过程中的消耗，可以增长效率、克服无责任性和混乱性。如果将水资源保护管理权分散于多个政府部门或各区域性部门，不只是简单的确定权力分工，为实质上是使机构之间具有了竞争性，这种竞争既有正面效应，如调动个部门的积极性，形成保护水资源的共同努力；也有负面效应，为鼓励个部门利用一切可行的机会去追求短期利益提供了便利。因为，如果一个部门不这样做，则其他部门便会这样做。其结果是导致水资源这样的公共资源的开发走到可悲的地步。当相关的方面包括了大量的权力重叠和交叉的小公共权力，而各个小的公共权力又只能够规范几个较小的与作用方面有关的权力的行为时，"公众悲剧"就会在几个较小权力的竞争中发生：而个较小的权力机构沉溺于权力的病态竞争，则无法去注意和实现该权力的真正目标，从而导致效率低下或不计效率，使公共权力变成否定性的负值游戏。因此，应充分认识"系统专门化才能增长效率"的意义，吸取过去水资源保护管理体制中普遍存在的因权力分散而导致的低效率的惨痛教训，避免"公众悲剧"和"非集权化的恶性循环"的发生。在此意义上，水资源保护管理体制的构建必须以效率作为基本目标，选择通过加强大权力者或通过增加专门机构的决策能力、增加对专门化系统的组建、合并与强化的体制。具体而言，就是要真正赋予水资源保护机构以决策权、监督权、协调权和执行权，使其能够担负起统一管理的责任，保证管理的效率。